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(無題) 削除/引用 No.12335-6 - 2024/05/27 (月) 13:15:25 - あ できないですよね、糖鎖のPTMはできるのに。 このシステイン２個固定して欲しいだけなのですが。。。

(無題) 削除/引用 No.12335-5 - 2024/05/24 (金) 23:37:35 - toto やってみましたができないですね。シードの意味が違ってました。単なる個数です。6ヶ月以内にcodeが公開されるそうなのでlocalに実装すればある程度はカスタマイズもできるでしょうが、特定の構造を指定するというのはアルゴリズムとして無理です。

(無題) 削除/引用 No.12335-3 - 2024/05/24 (金) 20:42:42 - toto と書いたのですが、これがこれまでの理解でしたが、３を使ってみたところ、seedの設定ができるようになってますね。ここに構造既知のを入れると、それから変化するように指定できるとすごいですが、いろいろと試してみて報告ください。alphafold2ではscriptの中でseedの数を変更することはできましたが、特定のものを指定することはできませんでした。

(無題) 削除/引用 No.12335-2 - 2024/05/24 (金) 15:53:41 - toto 残念ながら、alphafold3でも２と同じで、ある構造をtemplateにしたり、特定の構造を指定してモデリングすることはできません。後者の目的には、全く異なるやり方があるようなかすかな記憶がありますが、ほとんど使われてないのかな。Alphafoldでは予測モデル数を増やして、正しそうなものをさがすしかないです。

Alphafold3構造予測時にS-S結合の追加 削除/引用 No.12335-1 - 2024/05/24 (金) 12:45:03 - たんぱく Alphafold3がリリースされたので使用中なのですが、教えてください。 S-S結合がわかっているホモダイマーの予測させる際に、そのS-S結合を指定してアミノ酸配列から立体構造予測させることはできるでしょうか。その方法も教えてください。 出力された構造は、X線解析されたホモログと比べても、かなり正しい（ようにみえる）のですが、そのS-S結合が反映されていなくて困っています。 ブラウザβ版を使っています。

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