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FACSの未染色時のドットプロットの形について
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No.1231-TOPIC - 2012/12/08 (土) 22:54:31 -
かの
いつも大変お世話になっております。
お恥ずかしい話ですがFACSに詳しいものが辞めてしまった為に
FACS(Calibur)を初めて使うことになり、説明書を片手に解析を始めているのですが、一つ初歩的な部分でつまずいてしまい困っていまして、お詳しい方に
教えていただけないかと思っております。
手順を書かせて頂くと、
1.培養癌細胞をEDTA+メッシュでバラバラにして、FITC標識とPE標識一時抗体で染色。
2.未染色サンプルを使ってFSC, SSCで検出してゲートをかける。
3.FL1とFL2でプロットシートを作って、左下にかたまり(10^1-10^2)になるまで、それぞれの電圧/ゲインを調整する。(解説本より)
4.蛍光4分子マーカーをつける。
5.FITC単染色サンプルでFL2-%FL1を移動してコンペセーションを調整する。
6.PE単染色サンプルでFL1-%FL2を移動してコンペセーションを調整する。
7.2重染色のサンプルで、データを取る。
という感じなのですが、3.の時点で丸っぽいかたまりの様にならず、
右上がりの斜めの少し太い線のようになってしまいます。
未染色なので、コンペセーションがおかしいという話ではないのかも
しれませんが、自家蛍光があるのかもと思いコンペセーションを適当に
いじると、一応かたまりのようにはなりますが、その後に感度調整や
FITCのコンペセーションをやるので、意味がないような気がしますし、
データも上手く取れていない気がしています。
もし、初歩的なことでも"ココを設定していないでしょ"という点に
気が付いた方がいらっしゃいましたら、お教え頂けないでしょうか。
宜しく御願い致します。
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No.1231-5 - 2012/12/10 (月) 10:29:40 - まっくろん
FACS Caliburをお使いとのことですので,最低3カラーは検出出来ますよね。PIでも合わせて染色し,死細胞を外すのも手かもしれません。PIは確かFL3でも検出できたはずなので,FITCやPEと同時に使えるのではないでしょうか。
(無題)
削除/引用
No.1231-4 - 2012/12/10 (月) 09:45:08 - flow-joe
FL1,FL2それぞれのヒストグラムで調整すれば見やすいですよ。
ありがとうございます。
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No.1231-3 - 2012/12/09 (日) 11:46:02 -
かの
アドバイス頂き、本当にありがとうございます。
縦軸と横軸はFL1-H logとFL-2 logに設定しております。
不純物の件ですが、過去のトピックで死細胞が多い場合に
"トゲをのばしたような形"になるような書き込みを見つけました。
http://www.kenkyuu2.net/cgi-biotech2011/biotechforum.cgi?mode=view;start=1;Code=879
これは、染色後の話なので同じなのかは分かりませんが、
私もPIなどで死細胞を除かずに、FSC,SSCで左下の細胞集団を除く
ゲートを設定していました。またFSC,SSCは、解説本のように集団として固まらずに、
接着培養細胞のせいなのか全体にブロードに広がってしまったので、
比較的広くゲートをかけました。
もしかしたら、死細胞になると自家蛍光が強くなるのでしょうか。
一応、FSC,SSCで再びゲートをかけ直してみます。
何か気付いた事がありましたら、教えて頂ければと思います。
宜しくお願いいたします。
(無題)
削除/引用
No.1231-2 - 2012/12/09 (日) 03:28:26 - 通りすがり
縦軸と横軸を同じに設定していませんか?
当然、両軸が同じであれば右肩上がり、正に比例式のようなドットプロットになると思います。
もしくは、不純物が多いか…。
FACSの未染色時のドットプロットの形について
削除/引用
No.1231-1 - 2012/12/08 (土) 22:54:31 -
かの
いつも大変お世話になっております。
お恥ずかしい話ですがFACSに詳しいものが辞めてしまった為に
FACS(Calibur)を初めて使うことになり、説明書を片手に解析を始めているのですが、一つ初歩的な部分でつまずいてしまい困っていまして、お詳しい方に
教えていただけないかと思っております。
手順を書かせて頂くと、
1.培養癌細胞をEDTA+メッシュでバラバラにして、FITC標識とPE標識一時抗体で染色。
2.未染色サンプルを使ってFSC, SSCで検出してゲートをかける。
3.FL1とFL2でプロットシートを作って、左下にかたまり(10^1-10^2)になるまで、それぞれの電圧/ゲインを調整する。(解説本より)
4.蛍光4分子マーカーをつける。
5.FITC単染色サンプルでFL2-%FL1を移動してコンペセーションを調整する。
6.PE単染色サンプルでFL1-%FL2を移動してコンペセーションを調整する。
7.2重染色のサンプルで、データを取る。
という感じなのですが、3.の時点で丸っぽいかたまりの様にならず、
右上がりの斜めの少し太い線のようになってしまいます。
未染色なので、コンペセーションがおかしいという話ではないのかも
しれませんが、自家蛍光があるのかもと思いコンペセーションを適当に
いじると、一応かたまりのようにはなりますが、その後に感度調整や
FITCのコンペセーションをやるので、意味がないような気がしますし、
データも上手く取れていない気がしています。
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