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アクリルアミドからの核酸の回収 トピック削除
No.12276-TOPIC - 2024/04/15 (月) 16:22:55 - TF
アクリルアミドから150bp未満の核酸を切り出して回収をしようと考えています。

切り出した後、水を用いて受動拡散で回収することを計画していますがTE bufferの方が良いのでしょうか。回収した核酸は酵素反応に用いる予定なので極力EDTAは使いたくないです。

また精製はエタ沈をやるべきでしょうか。カラム精製のみで高純度の核酸を回収できるのであればカラム精製のみで終わらせたいと考えています。

素人質問で恐縮ですが、ご教授いただけますと幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.12276-7 - 2024/04/16 (火) 09:30:25 - ねずみ
解決済みのようですが参考までに。
https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/nucleic_acid/vol5.html

いろいろ比較した結果が示されています。

(無題) 解決済み 削除/引用
No.12276-6 - 2024/04/16 (火) 09:09:41 - TF
ご教授いただきありがとうございました。

TE bufferで溶出した後、フィルターろ過、エタ沈を行おうと思います。

(無題) 削除/引用
No.12276-5 - 2024/04/16 (火) 00:44:54 - おお
> 2倍量の容量のバファローで抽出すると2倍に希釈されるので
あ、3倍だわ。それでもドングリの背比べみたいなものだけど。

(無題) 削除/引用
No.12276-4 - 2024/04/15 (月) 23:36:55 - おお
>[Re:3] TFさんは書きました :
> ご回答ありがとうございます。
>
> ゲル内のバッファーに含まれるEDTAは溶出液に比べたら無視できるレベルだと考えていたのですが、水で溶出してもそれなりの量キャリーするのでしょうか。
>
貴方の実験の許容範囲を知る術がありません。2倍量の容量のバファローで抽出すると2倍に希釈されるので0.5mM?それに通常核酸を扱うバッファーでEDTAを入れるならnuclease阻害目的なら1mM程度。バッファーに入れたからって10倍になる訳でもない。


100kDaのタンパクで100ug/mlで1uMです。この状況ではタンパクに対してEDTA は大過剰ですよ。


いずれにせよエタチンすれば解決します。お示ししたプロトコールでも酢酸アンモニウムやSDSが入っているのだから、エタチンしないと使えないと思う。

(無題) 削除/引用
No.12276-3 - 2024/04/15 (月) 21:09:49 - TF
ご回答ありがとうございます。

ゲル内のバッファーに含まれるEDTAは溶出液に比べたら無視できるレベルだと考えていたのですが、水で溶出してもそれなりの量キャリーするのでしょうか。

フィルターを用いるのを検討します。
ご指摘ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.12276-2 - 2024/04/15 (月) 17:02:57 - おお
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30710028/

>EDTA
えっと、ゲル内のバッファーはEDTAがはいってますよ。

RNAは経験があってあって酢酸アンモニウムと多分SDSを入れていたはず。抽出後エタチンして、lysate などでプロセッシングの反応させたり、タンパク質との結合を見たり。

エタチンを避けたい理由がわからないけど、、、確かにゲルの小さなデブリが除きにくいけどエタチン前に遠心して底の方は取らないとか、フィルター通すとかやりようはあるけど。

エレクトロエリューションっていうのもあるし、

いっそ、きっと使うとかも。
https://www.qiagen.com/us/resources/faq?id=ff6c3885-bf80-427e-8aef-9fa2b4db4e0b&lang=en
各社出してるんじゃないかな。

アクリルアミドからの核酸の回収 削除/引用
No.12276-1 - 2024/04/15 (月) 16:22:55 - TF
アクリルアミドから150bp未満の核酸を切り出して回収をしようと考えています。

切り出した後、水を用いて受動拡散で回収することを計画していますがTE bufferの方が良いのでしょうか。回収した核酸は酵素反応に用いる予定なので極力EDTAは使いたくないです。

また精製はエタ沈をやるべきでしょうか。カラム精製のみで高純度の核酸を回収できるのであればカラム精製のみで終わらせたいと考えています。

素人質問で恐縮ですが、ご教授いただけますと幸いです。

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