例えば、コントロールはAという方法で、ノックアウトはBという方法でデータをとってそれらを比較した、ってなら少しクレームがつく気はします。
しかし、レプリカでN=1はAという機械でN=2はBという機械でシーケンスをかけた、というならばシーケンスの条件が等価である限り、シーケンサーが何かという点においてはクレームはつかないのかなあと思います。
しかし、Aではシングルリードで、残りをペアリードとかやり方そのものや原理が大きく異なる方法でシーケンスを行ったものを統合する場合は注意が必要でしょう。特に、定量的質量分析なんかは機械によってMS/MS同定や定量方法が全く異なるので機械を変えて混ぜて議論するのは危険ですね。
RNAseqであれば、理論上はシーケンサーによる差はないものと思われるので等価な方法でやってる限りは問題ないと思います。当然、データのトリミングやノイズ処理などはきちんとデータを見てやることが前提です。ただ、データを統合する前にそれぞれの機械でのデータで質的に違いがなさそうかは全体の統計値（同定数とかクオリティを満たしたリード数とか）は確認しておくべきだと思います。
最初から混ぜるのは気になるというならば、それぞれでcount dataなどにしてしまってから統合してもいいとは思いますけどね。 |
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