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(無題) 削除/引用 No.12257-3 - 2024/04/03 (水) 14:17:30 - おお >[Re:1] RNAさんは書きました : > 教えてください。 > > そこには疑問は抱かなかったのですが、n = 1でもボルケーノプロットだの統計学的に有意な遺伝子だのはデータ解析により得られたそうですが、n=1でなぜそれが出るのでしょうか？ > MA-plot-based method with random sampling modelとかだと思いますが。 一度n=4で依頼したデーター(発現量と、有意差などがエクセルに収めてある)で、自分でそれぞれの数字からtテストしてFDR補正をしようとしたら、すでに計算されている値と全然違っていた事があった。 https://academic.oup.com/bioinformatics/article/26/1/136/182236?login=false

(無題) 削除/引用 No.12257-2 - 2024/04/03 (水) 12:40:43 - seventh スクリーニング目的なら1サンプルずつで可能です。 単純にコントロールとの差自体は出るので。 スクリーニングなので、有意な差かどうかはサンプル増やすなり別の方法で詳細に定量するなりしないといけません。 他の現象でもですが、1レプリケートを見て普遍的な結果とは言えない。 RNAseqの場合は各条件3サンプルが一般的ですが、コストが許せばもっと多いほうが良いですし、各サンプルの読むリード数を増やせば低発現量遺伝子の差も検出できるようになります。 同じサンプルを読んでもリード数は増えますが、別サンプルとしては扱えません。

RNAシーケンスの標本数について 削除/引用 No.12257-1 - 2024/04/02 (火) 20:36:22 - RNA 教えてください。 知り合いに、細胞を薬剤処理前後でRNA抽出して、そのRNAシーケンスをしたという人がいます。 サンプル数は１つずつです。 私はRNAシーケンスはしたことがないのですが、n=3ほどなくてもいいのと聞くと、まず傾向が知りたくて、差がありそうであればn=3にする、と言っていました。 そこには疑問は抱かなかったのですが、n = 1でもボルケーノプロットだの統計学的に有意な遺伝子だのはデータ解析により得られたそうですが、n=1でなぜそれが出るのでしょうか？ 同じサンプルを複数回RNAシーケンスしてるんでしょうか？？ RNAシーケンスや統計処理に弱くて、教えてもらえると嬉しいです。

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