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(無題) 削除/引用 No.12244-4 - 2024/03/26 (火) 12:46:02 - おお たまに反対側の鎖からのTranscriptがある場合があるからそれも見といたほうがいい。

(無題) 削除/引用 No.12244-3 - 2024/03/25 (月) 22:00:42 - おお https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene ここでいでんしを検索するとアイソフォームのエクソン構成などがグラフィックで見れます。 Ensembl genome browser でも見れますが、プレディクションのバリエーションが多くちょっと使いにくいかも。 Variantの選択は、目的次第です。そのタンパクの注目している機能があるならば、その機能を担うドメインのアミノ酸配列をコードしている部部が一番すっきりします。 アイソフォームに特徴的な機能に着目しているなら、そのアイソフォーム特異的でないと意味がありません。 RNAseq などのバリデーションなら、共通部分と言うのが良いのかもしれません。

(無題) 削除/引用 No.12244-2 - 2024/03/25 (月) 20:46:12 - っｇ ucsc genome browserで、遺伝子のisoformがわかるように表示して、isoform間で共通する領域、あるいはisoform特異的な領域を選んで、Primerをデザインする。

NCBIでmRNAの配列を取得する際の悩み 削除/引用 No.12244-1 - 2024/03/25 (月) 20:04:58 - リンゴジュース いつもお世話になっております。 非常に基本的な内容ですが，よろしくお願いします。 qPCR用のPrimer作りのために， OPN3という遺伝子のmRNA配列をダウンロードしたいです。 NCBIでの検索後，「NCBI Reference Sequences」から， 「NM_」から始まるリンクに飛ぼうと思いました。しかし，ふと， isoformじゃない配列はどこにあるんだろうと思いました。 遺伝子の配列って，1つの遺伝子でも色々なVariantがありますが， どれを取ってくるか毎回悩みます。皆さんはどう選ばれていますか。 よろしくお願いします。

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