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細胞移動における統計処理について トピック削除
No.12218-TOPIC - 2024/03/12 (火) 14:58:49 - クッキー
いつもお世話になっております。

仔マウスに細胞増殖マーカー注入し、一定期間後にそのマウスを解剖して脳切片の観察を行います。
神経細胞が脳室体から各神経核に向けて移動する様子を定量し統計処理を行いたいのですがどのような方法が良いか皆様からのご意見をお聞きしたいです。

マーカー陽性細胞の計測結果のイメージとして、A-Cまでの領域があるとすると、
マーカー注入1日目 A 90% B 10% C 0%
マーカー注入7日目 A 40% B 30% C 30%
マーカー注入14日目 A 10% B 15% C 75%
というような感じに移動すると思われます。

この結果を受けて「マーカーを注入した日に産生したニューロンが14日間かけてCという領域に移動する」という主張をしたいです。
 
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(無題) 削除/引用
No.12218-11 - 2024/03/14 (木) 02:24:10 - あの
多重比較の話などは、貼ったリンク先をさらに見ていくと、どんどん詳しく書いてあります。たとえば
 https://best-biostatistics.com/multiple/bonferroni.html

このリンク先の場合、親切で、トピ主さんのように、提案された手法の名前だけでは先に進めない場合でも、エクセルかEzrを用いて先に進める可能性が高まると思います。

ABCが順位尺度かどうかは、もう少し詳しい情報をトピ主から欲しいところです。単純に同一の臓器内の距離の話と言い切れるのかどうか、、、Aからみて、Bと表現された領域はCと表現された領域よりも近いのかどうかとか、、近さとは何かとか、、 ここでは開示しにくいことや、かなり詳しい知識まで必要になるような気がします。

(無題) 削除/引用
No.12218-10 - 2024/03/13 (水) 23:27:28 - G25
A, B, Cは単なる名義尺度じゃなく、順位尺度(起始点からの距離のランク)になるから、
また別の考え方もできそうだ。

(無題) 削除/引用
No.12218-9 - 2024/03/13 (水) 23:19:37 - G25
> 3かける3の分割表分析

ただそれだけだと、p値が有意だとしても、例えば1日目、7日目、14日目の分布が「等しいとは言えない」と言えるだけで、肝心のどこに違いがあるかが言えないのでは。無理やり多重検定しても多重性が過重で検出力が下がるとか。その辺、解説求む。

(無題) 削除/引用
No.12218-8 - 2024/03/13 (水) 21:50:45 - あの
文字化けしたところは次です

3かける3の分割表分析

(無題) 削除/引用
No.12218-7 - 2024/03/13 (水) 21:36:49 - あの
場所が3つで、時間も3つなら

3✖️3の分割表分析で良いのでは?次あたり参考に:

https://best-biostatistics.com/contingency/contingency-kiso.html

(無題) 削除/引用
No.12218-6 - 2024/03/13 (水) 13:54:50 - クッキー
>[Re:5] G25さん

ありがとうございます!とても理解しやすいサイトでした。
タイムポイントごとの分布の相違というまとめかたもまさにその通りだと思います。本当にありがとうございました。

これにて解決とさせていただきたいのですがやり方がわかりません。。
管理人さんよろしくお願いいたします。

(無題) 削除/引用
No.12218-5 - 2024/03/13 (水) 11:56:18 - G25
こんな感じにちかいかな
https://toukeidesign.sozaiya-san.com/advance_stats19_fishers-exact-test
3群のフィッシャー正確確率検定からの、2群ずつ総当りのフィッシャー正確確率検定の多重検定(ボンフェローニ補正)。経時変化ということにとらわれずにデータ採取3段階はそれぞれ独立して検定して、タイムポイントごとに分布が違うということを示せば良いように思います。

(無題) 削除/引用
No.12218-4 - 2024/03/13 (水) 11:07:37 - クッキー
おおさん
ありがとうございます。
移動という観点にとらわれているのではないかというご指摘にはっとさせられました。
もう少し論文を読んでみて自分なりに納得にいく方法で統計処理を行いたいと思います。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.12218-3 - 2024/03/13 (水) 01:33:25 - おお
https://elifesciences.org/articles/47673
論文なども探してみるとよろしいかと。

もしかしたら移動という観点のモデルに当てはめた統計を模索しているのかもしれませんが、観察しているのはそこにある細胞の数でそれ以上のものでもないし、その結果から移動していると考察するのが自然にも感じます。ただ統計的やり方があるのならそれについては否定しません。

(無題) 削除/引用
No.12218-2 - 2024/03/12 (火) 16:36:21 - おお
マーカー注入1、7、14日目に数個体用意すれば、一個体ずつ計測してtテストとかなんなり出来ると思いますが。。。

Fisher’s exact testみたいなのでも出来なくは無さそうだけど。。。

細胞移動における統計処理について 削除/引用
No.12218-1 - 2024/03/12 (火) 14:58:49 - クッキー
いつもお世話になっております。

仔マウスに細胞増殖マーカー注入し、一定期間後にそのマウスを解剖して脳切片の観察を行います。
神経細胞が脳室体から各神経核に向けて移動する様子を定量し統計処理を行いたいのですがどのような方法が良いか皆様からのご意見をお聞きしたいです。

マーカー陽性細胞の計測結果のイメージとして、A-Cまでの領域があるとすると、
マーカー注入1日目 A 90% B 10% C 0%
マーカー注入7日目 A 40% B 30% C 30%
マーカー注入14日目 A 10% B 15% C 75%
というような感じに移動すると思われます。

この結果を受けて「マーカーを注入した日に産生したニューロンが14日間かけてCという領域に移動する」という主張をしたいです。

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