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凝集モニタリングでのチオフラビンTの蛍光強度が減少してしまう トピック削除
No.12178-TOPIC - 2024/02/18 (日) 22:15:20 - 凝集モニタリング
現在α-シヌクレインの凝集体形成をブラックウェル中でチオフラビンTを用いてモニタリングする実験を行っています。

先行論文を参考にして、凝集体形成が発生する条件で実験を行っているのですが、予想に反して蛍光強度が経時的に減少してしまいます(凝集体が形成されているならば蛍光強度は通常増加する)。
蛍光が増加せず変動しない場合は凝集形成がなされていないという考察ができますが、減少する原因として考えられることはありますでしょうか。

以下に現在行っている実験の条件を示します。

・α-シヌクレイン モノマー 2µM(最終濃度)
・α-シヌクレイン PFF 1µM(最終濃度)
・Thioflavin T 5µM(最終濃度)
全量180µl(in PBS)

・蛍光測定設定
Temperature: 37°C
Read Type: Well Scan
Wavelength: Excitation at 450 nm and Emission at 485 nm
PMT Gain: 80
Flashes per read: 6
Shake: 20 seconds before read
measuring time:total 72h(each 5 min scan)

これまでに改善策としてPBSのpHの検討のみは行いました。
アドバイスのほどお願いいたします。
 
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(無題) 削除/引用
No.12178-7 - 2024/02/20 (火) 13:10:56 - U1
開始後1時間での変動なら温度変化が原因っぽいですね。PFFとThioTの結合・解離で蛍光値が変動しているのではないでしょうか。

モノマー以外のコンポーネントを全て入れた状態で、1時間37℃でプレインキュベートし、手早くモノマーを添加して測定開始、で改善できると思います。

(無題) 削除/引用
No.12178-6 - 2024/02/20 (火) 05:00:12 - おお
https://molmed.biomedcentral.com/articles/10.1007/BF03402051
https://www.nature.com/articles/s41598-020-66602-9

アミロイド様の凝集を作らない場合若干減っているようなデーターはありますね。増えるときのシグナルの強さから見るとさほど大きな変化ではないのかもしれません。
thioflavinはアミロイド様の凝集体を作るとき、その立体構造がうまく蛍光が出るように固定されるようなモデルがあったと思いますが、そのような凝集体を作らないときもある程度疎水相互作用とかでモノマーとかに結合するけど、蛍光が出るような構造になるのが阻害されたりということが起こっているかもしれませんね。

(無題) 削除/引用
No.12178-5 - 2024/02/19 (月) 22:26:04 - 凝集モニタリング
U1様ありがとうございます。

PBSのみ(Back)はほぼ変動はなく減少しておりません。

Gain:80で、測定0min時点で18000程度、60minでは13500程度に減少しております。

(無題) 削除/引用
No.12178-4 - 2024/02/19 (月) 20:46:45 - U1
PBSのみ(タンパクが入っていない)条件のウェルでも減少していましたか?
あと参考までにお聞きしますが蛍光値はいくつでしたか?

(無題) 削除/引用
No.12178-3 - 2024/02/19 (月) 04:49:26 - おお
Photo bleaching

(無題) 削除/引用
No.12178-2 - 2024/02/18 (日) 22:20:12 - 凝集モニタリング
追記 文字化けしてしまった部分がありましたので補足します。

・α-シヌクレイン モノマー 2 'マイクロ' M(最終濃度)
・α-シヌクレイン PFF 1 'マイクロ' M(最終濃度)
・Thioflavin T 5 'マイクロ' M(最終濃度)
全量180 'マイクロ' L(in PBS)

凝集モニタリングでのチオフラビンTの蛍光強度が減少してしまう 削除/引用
No.12178-1 - 2024/02/18 (日) 22:15:20 - 凝集モニタリング
現在α-シヌクレインの凝集体形成をブラックウェル中でチオフラビンTを用いてモニタリングする実験を行っています。

先行論文を参考にして、凝集体形成が発生する条件で実験を行っているのですが、予想に反して蛍光強度が経時的に減少してしまいます(凝集体が形成されているならば蛍光強度は通常増加する)。
蛍光が増加せず変動しない場合は凝集形成がなされていないという考察ができますが、減少する原因として考えられることはありますでしょうか。

以下に現在行っている実験の条件を示します。

・α-シヌクレイン モノマー 2µM(最終濃度)
・α-シヌクレイン PFF 1µM(最終濃度)
・Thioflavin T 5µM(最終濃度)
全量180µl(in PBS)

・蛍光測定設定
Temperature: 37°C
Read Type: Well Scan
Wavelength: Excitation at 450 nm and Emission at 485 nm
PMT Gain: 80
Flashes per read: 6
Shake: 20 seconds before read
measuring time:total 72h(each 5 min scan)

これまでに改善策としてPBSのpHの検討のみは行いました。
アドバイスのほどお願いいたします。

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