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(無題) 削除/引用 No.12175-6 - 2024/02/18 (日) 19:36:24 - あの 分泌タンパクの場合には、分泌刺激や分泌抑制機構と共に考えるべきです。転写、翻訳、翻訳後修飾、細胞内移動、分泌など多数のステップが関係します。それらの間には、時差があります。 参考になるかわかりませんが、当方では、ある分泌タンパクのmRNAが増えているのに、タンパクが少ないという、トピ主さんとは真逆の現象に遭遇したことがあります。

(無題) 削除/引用 No.12175-5 - 2024/02/18 (日) 18:11:38 - もか ありがとうございます。 臓器は肝臓で分泌タンパクです。 確かに他の組織で産生されたものが肝臓でトラップされている可能性はあるのかなと思いました。

(無題) 削除/引用 No.12175-4 - 2024/02/18 (日) 07:22:31 - おお テクニカルなところは非常に気になるのだけど、ちょっと当事者、関係者以外では見つけにくいのどうしようもないのだけど、その辺は慎重になった方がいいと思う。ひとつだけ言うと、上流を阻害するとバンドが弱くなると言っても、場合によっては根拠が弱いと思います。またその遺伝子に似たファミリーが存在してそういうのを認識している事もあり得ます。 ありえる事を空想しますと、 PolyAを持たないmRNAをオリゴdTでRTしている。 パラクラインとか、その組織が作っていないタンパクを取り込んでる。 赤血球由来のタンパク(ヘモグロビンがほとんどだが機能維持のためのタンパクがいくらか残っているらしい)。赤血球は脱核してほとんどのものを分解してしまっている。 こんな事があるかわからないけど、組織が形成される過程で発現していた細胞外マトリクス、構造維持に関わるタンパクで、構築が済んだ後は発現していないとか、、、いや、ある程度再生能力があるとか、静的に見えても実は維持するために作り続ける様な印象はあるな。 mRNAとタンパクの安定性の違いは可能性の一つだけど、mRNA が検出限界以下になるのはどうもげせない。否定までは出来ませんけど。

(無題) 削除/引用 No.12175-3 - 2024/02/18 (日) 06:10:20 - あの ターゲットの名前は伏せておいても良いけど、 どういう分類のタンパクか(膜タンパクとか、酵素とか、分泌タンパクとか、受容体とか)を開示できませんか？ ghjkさんの御推察の可能性もありますが、他にも何かありえますので。 それから念のためですが、RNA分析は困難とされる膵臓での話とか、RNA調整に難がある可能性とかは考える必要はないですね？

(無題) 削除/引用 No.12175-2 - 2024/02/18 (日) 03:58:45 - ghjk westernの場合の、量が多い少ないは何かと比べて相対的に見ないと、それシグナルの強さそれ自体ははあくまで主観的な印象であって、軽々には言えないと思います。使う抗体の検出感度次第でどうにでも見えるわけで。A社の抗体だと5分くらい露光しないと薄くてはっきり見えてこなくて（あくまで印象で発現少ないのかなと思う）、B社の抗体に変えたら10秒で強いシグナルがバシッと見えた（あくまで印象ですごい高発現してると感じる）とかは、みなさんわりと経験してると思います。 細胞内でのその遺伝子のmRNAの安定性や産物である蛋白質自体の安定性それぞれの調節は基本的には独立で(フェリチンみたいに両者が巧妙に相互作用し合うようなケースを除くと）必ずしもうまくリンクしているわけではないので、例えばその遺伝子のmRNAの代謝回転はとても早く、用が済んだらあまり長く細胞内にとどまらず、一方でタンパク質の方は分解半減期が割と長ければ（mRNAは結構すぐに壊されるけど、タンパク質の方は一度できたら結構長く細胞内に止まり、ゆっくり蓄積するみたいなかんじ）そういう結果になることがあってもおかしくないと思いますし、むしろそれはそれで一つの重要な所見と思われます。mRNAやタンパク質の安定性調節機構は複雑で、個々の遺伝子ー蛋白質で個別の事情もあると思うし、未解明なこともまだ多いです。

qPCRとウエスタンの乖離 削除/引用 No.12175-1 - 2024/02/18 (日) 01:30:21 - もか いつもこちらで勉強させていただいています学生です。 マウスの臓器でのあるターゲットの検討なのですが、 qPCRではほとんど発現していなさそう（Ct値だと40程度かそれ以下）にも関わらず、 ウエスタンブロットではわりとしっかりとシングルバンドが確認されます。 このようなときどのように解釈したらよいのでしょうか。 ｑPCRは配列の異なる2つのプライマーで確認しています。 ウエスタンブロットについては、上流を阻害するとバンドも薄くなるので、 違うものを見ているということはないかと考えています。

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