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凍結切片のギ酸処理後の免疫染色は可能ですか。 トピック削除
No.12170-TOPIC - 2024/02/16 (金) 14:41:16 - tomica
凍結組織でとなるタンパク質の蓄積量が多い所を狙って、プロテオミクス解析を行いたいと考えております。またそのタンパク質はギ酸で賦活して、アミロイド構造をある程度壊さないと染色できません。しかし凍結切片ではギ酸賦活するとボロボロになってしまい、凍結組織でそのタンパク質の蓄積量を評価することは困難です。そこで凍結切片でギ酸処理などの賦活に耐えられるような切片固定法はありますでしょうか。
　
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No.12170-9 - 2024/02/22 (木) 11:47:57 - qq
どんどん難しくなっていくような選択だと感じますが、ウェスタンで検出できるのであればそれはそれで良いかもしれませんね。

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No.12170-8 - 2024/02/22 (木) 11:09:32 - tomica
みなさんありがとうございます。凍結切片を染めずに、まず組織を削りとり、ウェスタンブロットで蓄積量を確認することにしました。こちらならギ酸賦活も耐えられそうです。

(無題) 削除/引用
No.12170-7 - 2024/02/20 (火) 10:27:25 - おお
>[Re:4] あのさんは書きました :
> 質問に対する直接な回答ではありませんが、次の発想の転換はどうでしょうか？
>
> 目的が、
> 　凍結切片内のアミロイドの中のタンパクを抽出して、プロテオミクスの材料にしたいならば、
>
>
> 凍結切片に対して、免疫染色せずに、コンゴレッド等のアミロイド染色して、陽性部位を切り出して、プロテオミクスして、そのタンパクが含まれているサンプルだけを解析対象にする

もっとシンプルにするなら、染めずにDetergent Insolubleのフラクションを集めるというてありかもしれない。

(無題) 削除/引用
No.12170-6 - 2024/02/20 (火) 10:23:59 - おお
シンプルに凝集していても検出可能な抗体を探してみるというのはどうでしょうか。Amyloid Fibrilに特異的なあるし、その蛋白に対してはよくわかりませんがもしそういう抗体があるならギ酸の処理とか必要がないかもしれません。またたまたま露出している部分を認識できるような抗体なら、賦活は必要ありませんし。

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No.12170-5 - 2024/02/19 (月) 19:04:46 - 通りすがり
趣旨から外れるかもしれませんが、
賦活化はギ酸処理でないといけませんか？
凍結切片であれば、ProK、Trypsin、Pepsinなんかでいけそうな気がします。

(無題) 削除/引用
No.12170-4 - 2024/02/17 (土) 02:36:01 - あの
質問に対する直接な回答ではありませんが、次の発想の転換はどうでしょうか？

目的が、
　凍結切片内のアミロイドの中のタンパクを抽出して、プロテオミクスの材料にしたいならば、


凍結切片に対して、免疫染色せずに、コンゴレッド等のアミロイド染色して、陽性部位を切り出して、プロテオミクスして、そのタンパクが含まれているサンプルだけを解析対象にする

(無題) 削除/引用
No.12170-3 - 2024/02/16 (金) 15:49:42 - tomica
G25さん
賦活しないと染まらないことは確認しておりますので、やはり他の何か別の方法が必要かなと思います。

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No.12170-2 - 2024/02/16 (金) 15:37:51 - G25
凍結切片であれば賦活化がいらないという可能性はないですか

凍結切片のギ酸処理後の免疫染色は可能ですか。 削除/引用
No.12170-1 - 2024/02/16 (金) 14:41:16 - tomica
凍結組織でとなるタンパク質の蓄積量が多い所を狙って、プロテオミクス解析を行いたいと考えております。またそのタンパク質はギ酸で賦活して、アミロイド構造をある程度壊さないと染色できません。しかし凍結切片ではギ酸賦活するとボロボロになってしまい、凍結組織でそのタンパク質の蓄積量を評価することは困難です。そこで凍結切片でギ酸処理などの賦活に耐えられるような切片固定法はありますでしょうか。
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