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(無題) 削除/引用 No.12156-6 - 2024/02/15 (木) 11:40:24 - TS 転写因子だけということであれば、TRRUSTとかはどうですか。 ヒトとマウスしかないようですが。 実績とかそういうのはよくわかりません。

(無題) 削除/引用 No.12156-5 - 2024/02/14 (水) 10:21:08 - SS 発現変動遺伝子などのリストがあるのなら、EnrichrというWebツールが便利です。 リストをコピペで投げるだけで上流の転写因子、パスウェイ、オントロジーの推測をしてくれます。

(無題) 削除/引用 No.12156-4 - 2024/02/14 (水) 02:52:06 - おお それからChipのデーターベースから考えている転写因子のターゲットをリスト化してエンリッチメント解析をするか。

(無題) 削除/引用 No.12156-3 - 2024/02/14 (水) 02:49:23 - おお Chip のデーターをパイプラインで繋げると行けそうな気がするが、、、

(無題) 削除/引用 No.12156-2 - 2024/02/13 (火) 23:55:33 - たこ GSEAとかpathway analysisではないですか？ pathway analysisだとIPAとか便利でしたけど。

RNA-seq からどの転写経路が動いているかを推定 削除/引用 No.12156-1 - 2024/02/13 (火) 18:28:33 - Beads タイトル通りなのですが、ある学会で、RNA-seq からどの転写経路が動いているかを推定されている方がいました。 どのようなソフトを使われているのかわからなかったのですが、過去に同様の解析をされた方いらっしゃいますか。 例えば、STAT3の下流の発現が変動している。NFkbが動いているなどです。

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