BioTechnicalフォーラム [ミニプレ自動化]

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(無題)

No.12133-8 - 2024/02/04 (日) 21:51:27 - QRP

Kuraboのマシンはまだ販売中なんですね。

さすがにミニプレのためにこの大きさと価格は、大学研究室には割に合いませんが、需要はあるんですね。

(無題)

No.12133-7 - 2024/02/04 (日) 21:47:43 - QRP

みなさんありがとうございます。

用途は主にトランスフェクションです。今まで色々キットを試してきましたが、結局QIAGENに戻ってます。

Vacuumもやってましたが、大した手間の削減にはなりませんでした。コネクタが壊れたり、manifoldの洗浄が面倒だったり。

Biodaynamiのキットは知りませんでした。一応培養液から遠心なしでできるんですね。ただ0.2mの培養液から50uLの溶出量だと濃度と量があまり期待出来なさそうですが。磁気ビーズの精製を自動化する機械と組み合わせれば自動化できそうですね。SYBR masterさんのおっしゃるとおり一部は手動になるかもしれませんが。

クラボウの機械は見たことある世代ですが、動いているのを見たことありません。使ってる人にも会ったことありません。すでに販売中止でないでしょうか？スピンカラムキット操作を自動化するという無謀な思想はQIACUBEに受け継がれてるのでしょうけど、いかんせん40分で12プレップだと割に合うかどうか。

ということでみなさん結局マニュアルですよね・・・

(無題)

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No.12133-6 - 2024/02/04 (日) 21:09:39 - G25

> 少なくとも1台数千万はしたんでしょう
クラボウのPIシリーズ、最新機種でも600万円くらい。当時使っていた初期型もそんなもん。

(無題)

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No.12133-5 - 2024/02/04 (日) 20:39:34 - SYBR master

>[Re:1] QRPさんは書きました :
> プラスミドのミニプレを自動化している方っていますか？

> 個人的には24本とか48本とかになると、キットでは結構しんどいのでそれくらいのミニプレを大腸菌ペレットくらいからやってくれる機械があればいいなと思うのですが。

目的はなんでしょうか？それによっても使用する機械は異なってくると思います。

1. おおさんの書いた、「vacuum manifoldを使う方法」はランニングコストが、かなり高くなります。またsol1-3までのmixは手動で無いと上手く混じりませんので、96well plateで行うにせよ結構手間ですよ。テストさせられたとき、ブチ切れそうになりましたから。あと、こいつはバキュームで切るマニフォルド(たしか、10万位)とそれに見合った性能を持つ吸引ポンプ(これも10万以上したはず）が必要です。

2. あのさんの書いた「磁気ビーズ使う方法」は、TOYOBOのMagExtractorは比較的ランニングコストが低いですが、こちらもsol1-3までのmixは手動で無いと上手く混じりません(そもそもsol2のmixはピペッティングに向かないので)。全自動でmix出来る機械も売られていますが、高価(25年前くらいで1千万位だったと)でそれ以外の用途にはほぼ転用できません。96 well 対応でも大体同じですね。

3. G25さんの書いたクラボウの機械は、アルカリプレップを全自動で行ってくれるマシーンで、上記の問題は無いのでhumanやmouseゲノムプロジェクト、また理研のファントムプロジェクトでも多用されましたが、導入コストはかなり掛かります。あと、エタチンまでやってくれるのですが、季節によってエタノールが残存しやすいです。こいつもそれ以外の目的には転用できません。機械の価格については覚えていませんが、30年位前に筑波大や北大で見たとき共用だったことを考えれば、少なくとも1台数千万はしたんでしょう。ちなみに機械が目の前にあるのに、使ったことは無いです。

個人的には、単にcloning目的で入ったかどうかを確認するなら、colony-PCRで当たりを付ければ、plasmid prepの回数は減らせるし、colony-PCR産物を直接sequenceに持ち込めます。cDNAでもpolyA側からsequenceを読むので無ければ、colony-PCRでplasmid prepの代用になります。

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No.12133-4 - 2024/02/04 (日) 19:44:02 - G25

30年くらい前からクラボウのPIシリーズを使っていた。
もちろん現行とは何世代も前の初期型。
https://www.kurabo.co.jp/bio/nucleic/assets/pdf/PI-480/Plasmid/PlasmidDNA_PI480(PR200).pdf

専用チューブユニットを滅菌、アルミホイルで蓋して直接培養をするという裏技を使うと、そのチューブを機械にかけるだけの手軽さ。アルカリSDS法、フェノール抽出、アルコール沈澱の変法。

(無題)

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No.12133-3 - 2024/02/04 (日) 18:22:26 - あの

自分は使ったことありませんが、磁気ビーズ使う次とかもありますね

https://biodynami.com/documents/High-Throughput-Plasmid-MiniPrep-Kit.pdf

(無題)

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No.12133-2 - 2024/02/04 (日) 17:13:55 - おお

vacuum manifoldを使う方法は考えましたか？
遠心の代わりに吸引してくれる装置にカラムを立てて、サンプル入れて吸引、Washバッファー入れて吸引という風になっていて、遠心して取り出して廃液を捨てて、バッファーを加え遠心するより遥かにスムーズです。プロメガが結構昔から出してましたが今見ると各社やっているようです。

ありえるトラブルは考えられますが、実際使用したことは皆無なので、使用経験ある人からこの製品がいいとか実際の使い心地とか書き込みが有ればいいですね。

ミニプレ自動化

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No.12133-1 - 2024/02/04 (日) 11:36:58 - QRP

プラスミドのミニプレを自動化している方っていますか？

私の知る限り大学の研究室レベルでは30年以上手動ミニプレキットから本質的な進化ありません。

QIACubeという機械がありますが、12本精製するのに40分かかるとか。セットアップやクリーニングの手間を考えたら微妙です。他にはライセートからは自動化できるようなシステムもありますが、そこまでやったら手動でやっても大して手間が変わらないという気がします。

個人的には24本とか48本とかになると、キットでは結構しんどいのでそれくらいのミニプレを大腸菌ペレットくらいからやってくれる機械があればいいなと思うのですが。

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