Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る | トピック一覧 | 研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム(readのみ)

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

ランダムな遺伝子配列 トピック削除
No.12132-TOPIC - 2024/02/04 (日) 10:11:27 - おお
ランダムな遺伝子配列をgenerate してくれるソフトというかそう言うものないでしょうか。。。
エクセルでランダム関数とか使うといいk、、、
 
- このトピックにメッセージを投稿する -



13件 ( 1 〜 13 )  前 | 次  1/ 1. /1


(無題) 削除/引用
No.12132-13 - 2024/02/09 (金) 04:10:10 - おお
皆さんありがとうございました。最近のAIはボケもできるのかと思っちゃいました。

(無題) 削除/引用
No.12132-12 - 2024/02/08 (木) 10:19:12 - 橘
Perlだとランダムな塩基配列は以下のように1行でできます。

perl −e ’for($i=0;$i<100;$i++){$t=int(rand(4));$t= ̄tr/0123/ACGT/;print($t);}print(”¥n”);’
(書き込みのために全角化しています。半角にして実行して下さい)

Math::Random::MT::Autoモジュールをインストール後に以下のようにすればメルセンヌツイスタによる乱数で生成できます。

perl −MMath::Random::MT::Auto=rand −e ’for($i=0;$i<100;$i++){$t=int(rand(4));$t= ̄tr/0123/ACGT/;print($t);}print(”¥n”);’

(無題) 削除/引用
No.12132-11 - 2024/02/07 (水) 13:19:00 - toto
おおさん
AIにもいろいろあって、chatGPTを使われたのであれば、それ用のpluginか、DataAnalystを使うか、でないと無理でしょう。いずれも有料版にあります。
生成AIは何でも答えてくれるように見えますが、文章を構成する言葉をもう少し細かくしたtoken同士の関係性を猛烈に調べただけなので、先に書いたようなエクセルの持つランダム発生の機能はないです。生成AIに四則演算ができないというのはよくネタにされます。

(無題) 削除/引用
No.12132-10 - 2024/02/07 (水) 11:41:54 - おお
ありがとうございました。また機会があったら試してみたいと思います。まて、とりあえずもっと長いやつ作ってみようかな。

(無題) 削除/引用
No.12132-9 - 2024/02/07 (水) 10:41:40 - panacea
これなんかどうですか。

Random DNA Sequence Generator

http://www.faculty.ucr.edu/~mmaduro/random.htm

(無題) 削除/引用
No.12132-8 - 2024/02/07 (水) 07:59:41 - おお
すでに配列は作れましたが興味本位でAIに投げてみました。


Copilot

Certainly! Here’s a random DNA sequence consisting of 1000 bases:

TACCGGATCGTCTGCGTTGCGGCGTGGGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCG

前半はランダムっぽいけど、、、後半はGCリピートになっとるやないかーい。そらランダムに並べてたまたま出た言われれば、相当低い確率ではあるが否定はできないけど、、、多分そうでもないと思う。

(無題) 削除/引用
No.12132-7 - 2024/02/05 (月) 16:16:16 - おお
みなさんありがとうございました、今の私の環境でできそうなやり方でやってみようかと思います。
遺伝子でなく核酸配列だという指摘は確かにそういったほうがいいかもしれません。そうしないのでストップコドンの指摘など色々と配慮をいただく羽目になりましたので、、、

ATGCの比率はちょっと考えていませんでしたけど、、、再考してみます。

(無題) 削除/引用
No.12132-6 - 2024/02/05 (月) 12:21:22 - AA
途中でストップが入ってしまうと翻訳時に目標の長さに至らないかもしれないので、アミノ酸ベースで配列作ってからコドンへ逆翻訳したほうがいいかもしれない。

(無題) 削除/引用
No.12132-5 - 2024/02/05 (月) 11:50:02 - げぺて
AIにお願いしたら一発ですけど

(無題) 削除/引用
No.12132-4 - 2024/02/05 (月) 11:00:45 - kaiko
目的によりますが、ゲノム上のAT:GCは1:1ではないので、比率をいじれるといいですね。
この辺を使えばいいんじゃないですかね。

ttps://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/~kadota/r_seq.html#intro_general_randomseq

(無題) 削除/引用
No.12132-3 - 2024/02/05 (月) 09:33:33 - イスパハン
ランダムな配列はただの核酸配列であって遺伝子配列と言うのは誤りです。

(無題) 削除/引用
No.12132-2 - 2024/02/04 (日) 12:44:46 - toto
エクセルだと、=CHOOSE(RANDBETWEEN(1, 4), "A", "T", "G", "C")にするとランダムにATCGが出せるので、これをCONCAT関数を使って必要文字数つなげればランダム配列が出ます。3つなら
=CONCAT(CHOOSE(RANDBETWEEN(1, 4), "A", "T", "G", "C"), CHOOSE(RANDBETWEEN(1, 4), "A", "T", "G", "C"), CHOOSE(RANDBETWEEN(1, 4), "A", "T", "G", "C"))

です。でもこれは長いとみっともなくなるのであんまり実用でなく、これよりもpythonを使った方がずっといいです。randomモジュールを使って書いて実行すると簡単に延々と長い配列を作れます。ご入用ならスクリプト書きます。

あとどこかのsiRNAの注文サイトにランダム配列をだすのがありましたが、思い出せません。

ランダムな遺伝子配列 削除/引用
No.12132-1 - 2024/02/04 (日) 10:11:27 - おお
ランダムな遺伝子配列をgenerate してくれるソフトというかそう言うものないでしょうか。。。
エクセルでランダム関数とか使うといいk、、、

13件 ( 1 〜 13 )  前 | 次  1/ 1. /1


パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール   アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存(次回の入力の手間を省けます)
上に上げない(トピックの一覧で一番上に移動させません)
解決(問題が解決した際にチェックしてください)
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 

〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。