最近、研究室にやっとReal time PCRを導入し、SYBRgreenを使った比較Ct法を用いて検討しています。
通常、一回の実験をtriplicateで、ハウスキーピング遺伝子およびターゲット遺伝子を検討しています。
例)
とある細胞株にて、Control群（未分化細胞群）および分化細胞群からRNAをそれぞれ単離し、逆転写でcDNAを作製しました。
そのcDNAを用いて、ハウスキーピング遺伝子およびターゲット遺伝子をtriplicateで、Real time PCRを行いました。
キャリブレーターサンプルはControl群にしています。
その場合、グラフは、triplicate内で誤差（SEM）をとり、n=3としてグラフにしています。
ここで、質問があります。
例えば、同様の実験を3回行ったとして、それらを合わせてグラフにする場合です。
例)
実験一回目 Control群1, differentiated群1
実験二回目 Control群2, differentiated群2
実験三回目 Control群3, differentiated群3
のcDNAがあり、それぞれ別のplateでReal timeを行っています。
またReal time PCR解析の際に、Control群（1回目のControl群の細胞(*)もしくはあらかじめ用意した未分化細胞のcDNA）をキャリブレーターにします。(*)一回目のControl群のcDNAを二回目、三回目の実験のplateにも用意するという事です。
質問@
その場合、3回通して、キャリブレーターに同一のものを使っているので、一回目、二回目、三回目の平均値をそれぞれもってきて、n=3としてグラフを作製できると思うのですが、これは正しいでしょうか？（n=3x3=9はさすがにないと思いますが)。
質問A
またその際、Control群の2^-ddCt値が1からちょっとずれてしまうと思うのですが、そのままグラフにしてもよろしいのでしょうか？もしくは、Control群を１に補正して（当然differentiated群をそれに合わせて補正)し、グラフにすべきでしょうか？
分かりにくかったらすいません。
Real time PCRのデータは、前者の例のような何回かやった内のチャンピオンデータを論文などに載せるべきか、後者のように最低3回やったデータを合わせたものを載せるべきか、と疑問に思いました。
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