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qPCRのt検定について トピック削除
No.12106-TOPIC - 2024/01/26 (金) 17:31:18 - MSC
qPCRについて質問です。
ある細胞にshRNAで遺伝子Xをノックダウンさせました。
その後RNAを回収し、遺伝子xに対するqPCRを行いました。
コントロールshRNAを加えた群と比較しました。
このとき、t検定を行ったのですが、両側検定と片側検定で片側検定を使う事できるのでしょうか?
個人的にはshRNAによって遺伝子Xの発現は下がることは自明なので片側検定で良いと判断していますがいかがでしょうか?

また、同じRNAを使って遺伝子Yに対するqPCRを行ったとき、遺伝子YがRNA-seqの結果で遺伝子Xノックダウン下で発現低下する事が自明であれば片側検定でも良いのでしょうか?
 
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No.12106-6 - 2024/01/28 (日) 20:29:54 - おお
現状、両側でやっている人は多いと思います。なので通るはずの理屈が通らない可能性を危惧して両側でやってます。

2番目の例で、yの発現が上がっていた場合、yは重要な遺伝子なので意味がありそうだとなる可能性をちょっと心配している。

(無題) 削除/引用
No.12106-5 - 2024/01/28 (日) 20:06:23 - うむむ
数学的には、G25さんの御意見の通りで、全く賛同します。

ただ、感度の点で不利な両側検定で有意差無し、片側検定で有意差あり、となる程度のノックダウンを使ってその後は大丈夫かという疑問がある。

それから投稿後に全てのレフェリーが、片側検定で良いと、賛成してくれるかどうかも、何とも言えない。

(無題) 削除/引用
No.12106-4 - 2024/01/28 (日) 19:57:05 - G25
検定する仮説によるのだから、何を証明するのかという意図と仮説がちゃんと頭にあれが自ずと決まるものだと思います。

このケースでは片側検定の方が目的に適うでしょう。
コントロールより処理群の方が平均値が小さくなっているかどうかを検定したい訳ですから。
帰無仮説は「処理群はコントロールより平均値は小さくなってはいない」
対立仮説は「処理群はコントロールより平均値が小さい」で、これが証明したい命題

両側検定は、コントロールと処理群では平均値が異なる(大きいか小さいかは問わない)かどうかの検定ですから
帰無仮説は「処理群とコントロールとで平均値は等しい」
対立仮説は「処理群とコントロールとで平均値が異なる」で、これが証明したい命題


質問のケースでも仮説の置き方でどちらの検定も可能な訳で、両側検定で有意差が出ればもちろん有意差はありますが、証明したい命題(平均値が小さい)の検定は片側検定の方が感度が高い(有意差が出やすい)ですから。つまり片側検定でやれば本当は有意差があるのに両側検定をしたために有意差なしと判断してしまう可能性があります。

(無題) 削除/引用
No.12106-2 - 2024/01/26 (金) 20:10:22 - うむむ
反論や批判が来るだろうけど、迷ったら両側検定。

ほとんどの場合、両側検定で良いと思ってる。

qPCRのt検定について 削除/引用
No.12106-1 - 2024/01/26 (金) 17:31:18 - MSC
qPCRについて質問です。
ある細胞にshRNAで遺伝子Xをノックダウンさせました。
その後RNAを回収し、遺伝子xに対するqPCRを行いました。
コントロールshRNAを加えた群と比較しました。
このとき、t検定を行ったのですが、両側検定と片側検定で片側検定を使う事できるのでしょうか?
個人的にはshRNAによって遺伝子Xの発現は下がることは自明なので片側検定で良いと判断していますがいかがでしょうか?

また、同じRNAを使って遺伝子Yに対するqPCRを行ったとき、遺伝子YがRNA-seqの結果で遺伝子Xノックダウン下で発現低下する事が自明であれば片側検定でも良いのでしょうか?

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