例えばある細胞小器官を単離してプロテオミクスをやったとします。コントロールとテストの発現比較のような場合です。このとき発現に変動があったものを抽出してきてエンリッチメントアナリシスをする場合、バックグランドは何にしたらいいかふと思いました。
１）細胞全体の蛋白すべて（GeneIDとかがあるものすべて）をバックグランドにする。
当然この場合細胞小器官の蛋白のエンリッチがノイズとして相当含まれる懸念がある。
２）その細胞小器官の蛋白のリストを入手してそれをバックグランドにする。
実験でプラクティカル（かもしれない）な問題で入手したリストに含まれないものが存在したりすることはあると思うけどこれが評価に影響するのかよくわからない。
３）書きながら思いついたのですが、検出できた蛋白すべてをバックグランドにして分析する。
３がベストかと思いましたが、皆さんはどう思われますでしょうか。 |
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