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クライオ電子顕微鏡のPTM解析の精度について トピック削除
No.12093-TOPIC - 2024/01/19 (金) 21:57:15 - tomi
脳から検出された変性タンパクの蛋白研究をしています。この蛋白は最近のクライオ電子顕微鏡の結果によるとリン酸化部位は認めおりません。
私はこの蛋白のリン酸化部位の有無を評価しているのですが、リン酸化の存在があるを示唆しており、追加の質量分析を検討しております。
私はクライオ電子顕微鏡について詳しくないのですが、クライオ電子顕微鏡で翻訳後修飾（PTM）をどれくらい正確に評価できるのか教えていただけますでしょうか。
　
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No.12093-8 - 2024/01/25 (木) 15:20:02 - tomi
皆様ご意見ありがとうございます。
とりあえず、クライオ顕微鏡の結果にとらわれずに追加の検査を進めていきたいと思います！

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No.12093-7 - 2024/01/22 (月) 18:44:31 - WInter-8
分解能が低いと無理です。該当する領域がフレキシブルな場合（特に側鎖が溶媒側に露出している場合）や、マップにノイズが多い場合も難しいです。

そして、キレイにマップが見えたとしても大きな問題点があります！
構造生物学者はマップを見てモデルを構築します。このときにリン酸化部位を認識してモデルを組んでいれば良いのですが「よくわからないノイズ」として無視してしまうとモデルに入れられません。ATPのマップを無視する人はいませんが、リン酸化部位であれば見落とす可能性は十分あります。（結晶構造解析の場合もそうですが、モデリングは少なからず主観が入ります。）



以上、素人のコメントでした。

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No.12093-6 - 2024/01/22 (月) 18:31:43 - み
>[Re:5] みさんは書きました :
> クライオ電顕に詳しくない人が、曖昧な情報のまま、質問に答えるなんて、、、


天使の「み」ちゃんと悪魔の「み」ちゃんが居るわｗ
かなり「おお」さんに執着するよなーこのヒト
まあオジちゃんも結構毒吐くからヒトのこと言えへんけど

(無題) 削除/引用
No.12093-5 - 2024/01/22 (月) 17:09:39 - み
クライオ電顕に詳しくない人が、曖昧な情報のまま、質問に答えるなんて、、、

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No.12093-4 - 2024/01/22 (月) 09:05:02 - おお
もう一つの懸念は、検体分子すべてがリン酸化してるかどうかと言うことと思うのですが。
沢山の分子構造をc集積して立体構造を起こすんじゃなかったでしたっけ？
それなら分子によってリン酸化されてたりされてなかったりするとその部分の構造は鮮明にならないのでは？

(無題) 削除/引用
No.12093-3 - 2024/01/20 (土) 12:41:10 - おお
リン酸原子直径が約２オングストローム。その手のCryo-EMの分解能で２オングストローム弱。見えるか見えないかというレベルのように思いますが、、、
例えば tomiさんが見たデーターですべてのアミノ酸が完全に見つけられますか（非常にいい状態では見れるそうだけど）？

(無題) 削除/引用
No.12093-2 - 2024/01/19 (金) 23:43:02 - toto
質量分析でリン酸化が証明されれば確定と思いますが。そうでない可能性があるかな？クライオEMで画像再構成して「見える」ようにするためには、リン酸化された分子がかなり多くないと（不可能ではないにしても）実際には厳しいでしょう。リン酸化された分子の割合は結構低いのではないでしょうか。

クライオ電子顕微鏡のPTM解析の精度について 削除/引用
No.12093-1 - 2024/01/19 (金) 21:57:15 - tomi
脳から検出された変性タンパクの蛋白研究をしています。この蛋白は最近のクライオ電子顕微鏡の結果によるとリン酸化部位は認めおりません。
私はこの蛋白のリン酸化部位の有無を評価しているのですが、リン酸化の存在があるを示唆しており、追加の質量分析を検討しております。
私はクライオ電子顕微鏡について詳しくないのですが、クライオ電子顕微鏡で翻訳後修飾（PTM）をどれくらい正確に評価できるのか教えていただけますでしょうか。
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