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【統計】視点を変えると有意差が出る。どう解釈すればいい? トピック削除
No.12091-TOPIC - 2024/01/19 (金) 14:53:08 - usanori
こんにちは。

トピック名、馴れ馴れしい感じになってしまいすみません。
文字数の関係上、こうなってしまいました。

いつもお世話になっています。
統計でどう解釈したらよいのか分からない解析結果になりましたので、相談させてください。使用している解析ソフトはEZRです。

ウイルスの増殖を抑制する、とある化合物があります(化合物Aとします)。
ウイルスのライフサイクルのどこに化合物Aが作用するのか知るために、添加時間を以下のように変えて実験を行いました。
(a)感染全期間添加
(b)感染後、3時間のみ添加
(c)感染3時間後〜24時間に添加

それぞれa群、b群、c群とし、それぞれにDMSOコントロール(ネガコン)とポジコン化合物を置きました。(化合物Aと同様に、DMSOもポジコン化合物も添加時間を変えて実験を行いました)

PCRでウイルスゲノムコピー数を測定し、結果は棒グラフで表しています。
なので、群1つに対し2つずつ、棒が立っています。

本題です。
最初、群内でDMSOコントロールと化合物をone way ANOVAに続きDunnettの多重比較検定で比較し、
(a群DMSOコントロール vs a群ポジコン化合物、a群DMSOコントロール vs a群化合物A)→a群のみで比較
(b群DMSOコントロール vs b群ポジコン化合物、b群DMSOコントロール vs b群化合物A)→b群のみで比較
(c群DMSOコントロール vs b群ポジコン化合物、c群DMSOコントロール vs b群化合物A)→c群のみで比較

その後、b群化合物Aとc群化合物Aでウイルス抑制具合が異なっているように見えたので、
b群化合物A vs c群化合物A
を、t検定で行いました。

結果、このt検定では、b群化合物Aとc群化合物Aで有意差が出なかった(ウイルス抑制具合は最初の3時間添加しようが、その後に添加しようが変わらない)という検定結果になりました。


その後、b群化合物A vs c群化合物Aをしたいのなら、別にt検定をするのではなく、b群化合物Aを軸に、one way ANOVAに続きDunnettの多重比較検定をすべきなのではないかと思い、やり直しました。
b群化合物A vs
・a群DMSOコントロール
・a群ポジコン化合物
・a群化合物A
・b群DMSOコントロール
・b群ポジコン化合物
・c群DMSOコントロール
・c群ポジコン化合物
・c群化合物A

すると、b群化合物A vs c群化合物A で有意差がある(ウイルス抑制具合は最初の3時間添加するのと、その後に添加するのでは違う)という検定結果になりました。

これは、どう解釈すべきなのでしょうか?
よろしくお願いします。
 
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(無題) 削除/引用
No.12091-3 - 2024/01/19 (金) 16:30:08 - usanori
おおさん、ありがとうございます!

確かに、実験系が異なる2群で比較するのはよろしくないですね…。

b群DMSOコントロールからみてb群化合物Aが何%抑制するかというのとc群DMSOコントロールからみてc群化合物Aが何%抑制するかを比べようと思います。

いつもありがとうございます!!

(無題) 削除/引用
No.12091-2 - 2024/01/19 (金) 16:08:04 - おお
思い切り平たくいうとそれぞれの統計手法は得て不得手があるからです。その得て不得手を解消するには事前にパワーアナリシスをしてサンプル数を何個にするかなどデザインを決めてから実験することになります。ただ基礎で探索的な研究ではあまりそういうことをしません。

もうちょっというと多重検定の場合はF値を計算してそれを使って検定していくので(たぶんDunnettでも)それが影響してT検定と違う結果になるということです。

示されたやり方いろいろとどうかなぁと思うところはありますが、細かいところは時間があればおいおい指摘しますが一つ指摘すると、B群のコントロールとC群のコントロールは違う(すなわち実験系が異なる)わけだから、ベースラインが一緒かどうかという点が気になります。

そういう意味で
b群DMSOコントロールに対してb群化合物Aがどう変化したのかというのと
c群DMSOコントロールに対してc群化合物Aがどう変化したのかというのを比べるべきではないかとおもいます。
そうすると2Way anovaという選択もありですが、もっと単純にはb群DMSOコントロールからみてb群化合物Aが何%抑制するかというのとc群DMSOコントロールからみてc群化合物Aが何%抑制するかを比べるのがある意味厳密だと思います。

あるいは最初にやったT検定でもいいですから、b群DMSOコントロール vs b群化合物Aとc群DMSOコントロール vs c群化合物Aだけでも追加でやってnを増やせばいいかもしれません。

【統計】視点を変えると有意差が出る。どう解釈すればいい? 削除/引用
No.12091-1 - 2024/01/19 (金) 14:53:08 - usanori
こんにちは。

トピック名、馴れ馴れしい感じになってしまいすみません。
文字数の関係上、こうなってしまいました。

いつもお世話になっています。
統計でどう解釈したらよいのか分からない解析結果になりましたので、相談させてください。使用している解析ソフトはEZRです。

ウイルスの増殖を抑制する、とある化合物があります(化合物Aとします)。
ウイルスのライフサイクルのどこに化合物Aが作用するのか知るために、添加時間を以下のように変えて実験を行いました。
(a)感染全期間添加
(b)感染後、3時間のみ添加
(c)感染3時間後〜24時間に添加

それぞれa群、b群、c群とし、それぞれにDMSOコントロール(ネガコン)とポジコン化合物を置きました。(化合物Aと同様に、DMSOもポジコン化合物も添加時間を変えて実験を行いました)

PCRでウイルスゲノムコピー数を測定し、結果は棒グラフで表しています。
なので、群1つに対し2つずつ、棒が立っています。

本題です。
最初、群内でDMSOコントロールと化合物をone way ANOVAに続きDunnettの多重比較検定で比較し、
(a群DMSOコントロール vs a群ポジコン化合物、a群DMSOコントロール vs a群化合物A)→a群のみで比較
(b群DMSOコントロール vs b群ポジコン化合物、b群DMSOコントロール vs b群化合物A)→b群のみで比較
(c群DMSOコントロール vs b群ポジコン化合物、c群DMSOコントロール vs b群化合物A)→c群のみで比較

その後、b群化合物Aとc群化合物Aでウイルス抑制具合が異なっているように見えたので、
b群化合物A vs c群化合物A
を、t検定で行いました。

結果、このt検定では、b群化合物Aとc群化合物Aで有意差が出なかった(ウイルス抑制具合は最初の3時間添加しようが、その後に添加しようが変わらない)という検定結果になりました。


その後、b群化合物A vs c群化合物Aをしたいのなら、別にt検定をするのではなく、b群化合物Aを軸に、one way ANOVAに続きDunnettの多重比較検定をすべきなのではないかと思い、やり直しました。
b群化合物A vs
・a群DMSOコントロール
・a群ポジコン化合物
・a群化合物A
・b群DMSOコントロール
・b群ポジコン化合物
・c群DMSOコントロール
・c群ポジコン化合物
・c群化合物A

すると、b群化合物A vs c群化合物A で有意差がある(ウイルス抑制具合は最初の3時間添加するのと、その後に添加するのでは違う)という検定結果になりました。

これは、どう解釈すべきなのでしょうか?
よろしくお願いします。

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