LMW RNAの回収効率は方式やキット製品によってかなり違うようですね。
ttps://www.researchgate.net/figure/Profile-of-total-RNA-isolated-by-using-five-commercial-kits-a-Denaturing-gel_fig1_283119835
ttps://www.researchgate.net/figure/Comparison-of-total-RNA-and-low-molecular-weight-LMW-RNA-samples-isolated-from-cactus_fig1_50195249
ttps://www.lubio.ch/blog/norgens-rna-purification-sic
conventionalなRNA精製ではtRNAくらい小さいRNAはほとんど回収されないものだと思っていました（精製されたtotal RNAにはtRNAはほぼ無い）。
またRNAをLiClで沈殿察せると多糖類やDNAが除去できてきれいなRNAの純度を上げることができるので重宝されていましたが、反面LMW RNAをロスする危険もありました。同様のことはTRizolでIPA沈殿するときprecipitation solution (確かクエン酸ナトリウムを主とする塩溶液）を加えてIPAを減らすという変法にも言えます。
LMW RNAの回収率は、もっぱらprotein coding mRNAをNorthernやcDNAで追いかけていた時代はあまり問題にされていなかったですが、近年miRNAが注目されてきてクリティカルになってきた印象があります。
とにかく昔も今も28Sと18Sしか見えなくても、ほとんどの実験には使えてきたことは確か。今ではRIN (RNA integrity number）で品質評価するのが普及しているけど、指標にするのは28Sと18S rRNAですよね。
ただ、サンプル横断的に定量的な比較をする時、LMW RNAの回収効率がことなる方法が混ざっていると、バイアスがかかる可能性はあるかも。
余談ですが、 リンク先の絵をみるとNavagenのは格段にLMW RNAの回収率が良さそう |
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