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片対数グラフの検量線を用いた定量 トピック削除
No.12040-TOPIC - 2023/12/25 (月) 22:29:55 - 片対数
片対数グラフの検量線を用いた定量で、対数の軸の値を正確に出す方法がないでしょうか。

リアルタイムPCR で mRNA のコピー数の絶対量を定量しようとしています。
横軸がlog10、縦軸がPCR のサイクル数となる検量線となります。
エクセルを使ってこの片対数の検量線を作成するところまではできますが、対数のためサンプルのサイクル数からmRNA の正確なコピー数が出せません。
何か良い方法(別のソフト??)がないでしょうか。
 
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No.12040-8 - 2023/12/26 (火) 12:43:44 - RT
もしかしてmRNAを直接PCR出来ると思ってる???

(無題) 削除/引用
No.12040-7 - 2023/12/26 (火) 12:09:06 - あの
回帰分析と最小二乗法の関係ですが、次が判りやすい説明です:

https://econoshift.com/ja/least-squares-method/
 回帰分析で回帰直線を計算する時に最小二乗法が使われ、、、

 最小二乗法は回帰分析だけでなく、数学や天文学など色んなところで使われ、、、


https://romptn.com/article/15660
 最小二乗法以外にも、回帰分析を行うための様々な手法が存在します。最尤法はその一つで、、、


回帰分析という意味合いで、最小二乗法と表現している論文を見かけたことはありますが、正しくは上記です。

(無題) 削除/引用
No.12040-6 - 2023/12/26 (火) 10:28:57 - おお
ちなみにLogの底は10でも2でもいい。

(無題) 削除/引用
No.12040-5 - 2023/12/26 (火) 10:21:39 - おお
Ct=a*log(10)N+b :Nはコピー数
log(10)N=x, Ct=yとすれば
y=ax+b

検量線で既知のコピー数、nに対するCt値がが出てるから、Log(10)nを求めて、Log(10)nとCt値をエクセルか統計ソフトに入れて最小自乗法によって直線の式を導き出すせばいい(ようするにy=ax+bのaとbの値がでる)エクセルならTend lineを引かせてその数式を表示させればいい。
この時点でCt(y)を代入してxの値すなわち(y-b)/aを求める。log(10)N=xとしたので、N=10^((Ct-b)/a))。
最小自乗法は回帰分析ともいうが、バイオ関係ではこちらの表現のほうがよく使われている。

(無題) 削除/引用
No.12040-4 - 2023/12/26 (火) 07:46:24 - おお
横軸を関数で変換すれば、直線が引けるので、一次方程式で表せるようになり計算ができます。

(無題) 削除/引用
No.12040-3 - 2023/12/26 (火) 07:33:45 - 774R
リファレンスは何を使うのですか?

(無題) 削除/引用
No.12040-2 - 2023/12/26 (火) 01:14:45 - あの
たぶん、絶対定量でも普段 お使いのqPCR用ソフト(装置についてくるソフト)で計算できると思います。

使用方法がわからなければ、メーカーのサポートに電話した方が早いです。

それから、

回帰分析して回帰式さえ得られれば良いので、大抵の統計ソフトで計算はできるはずです。

片対数グラフの検量線を用いた定量 削除/引用
No.12040-1 - 2023/12/25 (月) 22:29:55 - 片対数
片対数グラフの検量線を用いた定量で、対数の軸の値を正確に出す方法がないでしょうか。

リアルタイムPCR で mRNA のコピー数の絶対量を定量しようとしています。
横軸がlog10、縦軸がPCR のサイクル数となる検量線となります。
エクセルを使ってこの片対数の検量線を作成するところまではできますが、対数のためサンプルのサイクル数からmRNA の正確なコピー数が出せません。
何か良い方法(別のソフト??)がないでしょうか。

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