Bio Technical フォーラム

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超短時間伸長型 qPCR トピック削除
No.12017-TOPIC - 2023/12/18 (月) 20:20:07 - qPCR
リアルタイムPCRで定量を行う際、一般的にはextentionは1分とか30秒だと思いますが、5秒とか10秒で行うことがありますか?
2つのエクソンをまたいでプライマーを設計しており、1分もやると間にある別の1kb程度のエクソンを挟み込んだスプライスバリアンとの長いフラグメントが増えてしまうためです。5秒程度なら理論上は100bpの短いバリアンとだけ増えないかと考えています。
 
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(無題) 削除/引用
No.12017-3 - 2023/12/19 (火) 05:35:24 - おお
ところでプライマーは絶対にそこに設定しないと行けないのでしょうか?
1コピーあれば理論上検出できるような方法論なのでできるだけ複数のアンプリコンが無いようにするのが普通だと思いますが。それともTaqManプローブとかでなんとかなるようにできているのでしょうか?

(無題) 削除/引用
No.12017-2 - 2023/12/19 (火) 02:33:37 - おお
https://www.sigmaaldrich.com/US/en/technical-documents/protocol/genomics/qpcr/sybr-green-qpcr
15s
https://www.agilent.com/cs/library/usermanuals/public/600828.pdf
10-30s
PMID: 18762215
10s

超短時間伸長型 qPCR 削除/引用
No.12017-1 - 2023/12/18 (月) 20:20:07 - qPCR
リアルタイムPCRで定量を行う際、一般的にはextentionは1分とか30秒だと思いますが、5秒とか10秒で行うことがありますか?
2つのエクソンをまたいでプライマーを設計しており、1分もやると間にある別の1kb程度のエクソンを挟み込んだスプライスバリアンとの長いフラグメントが増えてしまうためです。5秒程度なら理論上は100bpの短いバリアンとだけ増えないかと考えています。

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