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選択的スプライシング
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No.12016-TOPIC - 2023/12/18 (月) 18:09:48 - スプライシング
A-------B---ISE-------C---------D
A,B,C,D がエキソン、線の部分がイントロンとします。
BとCの間にintronic splice enhancer (ISE)があるとします。
ISE が影響を与えるのは B-C 間のスプライシングのみでしょうか。
そのほかの部分のスプライシングにも影響を与えるでしょうか。
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No.12016-2 - 2023/12/19 (火) 04:03:18 - おお
ISEは決まった抑制機構があるというわけでもなく、周辺エクソンのスプライシングを抑制するCisエレメントとして同定されることが多いです。あるいはコンセンサス配列からの抽出なども含まれるかもしれません。なのでそれぞれのISEが見つかった経緯を見るべきかと思います。
そのことを横に置いといて有り得そうなことを考えてみますと、
A-------B---ISE-------C---------D
Bの3’のスプライシングが抑制される場合
BCの間のイントロンが含まれる可能性とBがスキップされる可能性があると思います。
Cの5’が抑制される場合
Cがスキップされると思いますが、BCの間のイントロンが含まれる可能性は否定できません。
Bの3’、Cの5’の両方が抑制される場合、
BCの間のイントロンが含まれる可能性とBCともにスキップされる場合があると思われます。
これはそれぞれのスプライシングサイトの強さなどにも依存して、たとえばBが元々選択的スプライシングされないエクソンであればCへの影響が中心と考えることがたいていです。
選択的スプライシング
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No.12016-1 - 2023/12/18 (月) 18:09:48 - スプライシング
A-------B---ISE-------C---------D
A,B,C,D がエキソン、線の部分がイントロンとします。
BとCの間にintronic splice enhancer (ISE)があるとします。
ISE が影響を与えるのは B-C 間のスプライシングのみでしょうか。
そのほかの部分のスプライシングにも影響を与えるでしょうか。
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