Bio Technical フォーラム

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タンパクのリン酸化部位の予測サイトありますか。 トピック削除
No.11986-TOPIC - 2023/12/08 (金) 11:06:49 - tomi
とある膜貫通タンパクの研究を行っており、今までリン酸化部位は知られておりませんが、お試しにリン酸化抗体の作成を検討しております。
実際にはリン酸化酵素を使用して、リコンビナントタンパク質のリン酸化される部位の確認をまずは考えておりますが、その前にアミノ酸配列からリン酸化部位をある程度予測できるサイトあるいはソフトがあれば、ご教授いただければ幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.11986-4 - 2023/12/08 (金) 15:52:56 - ああ
古めですが、
「 NetPhos 」 
https://services.healthtech.dtu.dk/services/NetPhos-3.1/

があります。

私は使ったことないですが、KPNA2(human)で試したらちゃんと報告済みのリン酸化サイトがヒットしてきたので多分大丈夫だと思います。

(無題) 削除/引用
No.11986-3 - 2023/12/08 (金) 11:19:44 - おお
https://www.cellsignal.com/learn-and-support/phosphositeplus-ptm-database

予測とはちょっと違いますが、、、

(無題) 削除/引用
No.11986-2 - 2023/12/08 (金) 11:19:07 - qq
uniprot
scansite
など

タンパクのリン酸化部位の予測サイトありますか。 削除/引用
No.11986-1 - 2023/12/08 (金) 11:06:49 - tomi
とある膜貫通タンパクの研究を行っており、今までリン酸化部位は知られておりませんが、お試しにリン酸化抗体の作成を検討しております。
実際にはリン酸化酵素を使用して、リコンビナントタンパク質のリン酸化される部位の確認をまずは考えておりますが、その前にアミノ酸配列からリン酸化部位をある程度予測できるサイトあるいはソフトがあれば、ご教授いただければ幸いです。

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