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(無題) 削除/引用 No.11985-8 - 2023/12/09 (土) 00:20:33 - フラペチーノ おおさん、わかりにくい返答してしまい申し訳なかったです。。 スプライシングバリアントの可能性も残っているということ、理解しております！ ご丁寧に指摘していただいてありがとうございます！！

(無題) 削除/引用 No.11985-7 - 2023/12/08 (金) 18:15:28 - おお >[Re:5] フラペチーノさんは書きました : > みなさまご丁寧にありがとうございます。 > 翻訳後修飾について勉強してその可能性について深く検証していこうと思います。 > 念のために書くけど、スプライシングのバリアントではないとは言ってませんから。その可能性もあるけど、それ以外の可能性もあるので言い切るには無理があると言っているだけです。

(無題) 削除/引用 No.11985-6 - 2023/12/08 (金) 16:43:42 - み 分解産物の可能性もある（意味のあるプロセシングか単なるartifact的な分解かは知らんけど）

(無題) 削除/引用 No.11985-5 - 2023/12/08 (金) 13:56:52 - フラペチーノ みなさまご丁寧にありがとうございます。 翻訳後修飾について勉強してその可能性について深く検証していこうと思います。 あまりに力不足のため、先行研究やデータベースを読み込むことに時間がかかるため、具体的な相槌もできずに返信してしまうことをお許しください。 改めて、ご教授いただきありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.11985-4 - 2023/12/08 (金) 02:38:44 - おお >スプライシングバリアントであると言い切ることは可能でしょうか。 むりです。翻訳後修飾、プロセッシングを無視しないでください。ただし同じ遺伝子由来のタンパクと言うことは可能です。

(無題) 削除/引用 No.11985-3 - 2023/12/08 (金) 00:41:12 - 774R shRNAで全てのバンドが減弱したのなら、全てのバンドがshRNAの配列を有してる可能性が高いでしょう。 バンドが3本出る理由は、shRNAの配列以外の部分でスプライシングにバリエーションの差があるか、翻訳後修飾によるものでしょう。 前者の可能性を突き詰めるのなら、スプライシングバリアント特異的な配列のshRNAを用いるとかですかね。

(無題) 削除/引用 No.11985-2 - 2023/12/07 (木) 23:38:58 - G25 分子量の差異、そのうちどれがメジャーか、どれが予想されるバンドに一致するか、データベースなどの情報で証明あるいは予想されているスプライスバリアントがあるかなど、情報があると参考になると思うけど。 翻訳後修飾の可能性は？ 糖鎖化、リン酸化、cleavage、などなど あと、全くのアーティファクトで移動度がバラけたのかもしれないし。 スプライスバリアントであると決めつけるのはじき尚早だと思います。 翻訳後修飾の可能性は、相同タンパク質の情報や配列からの予想からある程度見当つきますよね。 何かありそうでしょうか。

スプライシングバリアントかバックか 削除/引用 No.11985-1 - 2023/12/07 (木) 22:57:30 - フラペチーノ いつもお世話になっております。バイオ実験初学者です。 先日ウエスタンブロットを行った際、３本のバンドを確認できました。 バンドボリュームに差があり、一番太いバンドのみが目的のタンパクかと思っていましたが、validationで有効性が示されたshRNAを使うと、３本全てのバンドが弱くなりました。(ローディングコントロールは揃えました。) shRNAで抑制されたことを根拠として、全てのバンドが目的のタンパクであり、スプライシングバリアントであると言い切ることは可能でしょうか。また、言い切れないとしたらどのように検討すれば良いのでしょうか。 有識者の皆様にとっては程度の低い質問かと思いますがお答えいただけると幸いです。 補足 目的タンパクはあまり有名でないもので、今回使用した一次抗体は必ずしも良い抗体であるとは言い切れないです。

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