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(無題) 削除/引用 No.11983-3 - 2023/12/09 (土) 04:54:44 - おお 二本鎖切断されたところにT7 promoterのタグをつけて、T7 RNA ポリメラーゼでRNA合成をすると同時に増幅（一箇所から多数のRNA分子ができますから）して、それを逆転写して検出するということですね。

(無題) 削除/引用 No.11983-2 - 2023/12/07 (木) 17:07:08 - egeria 本文に説明があります。 Following genomic DNA (gDNA) extraction, the sequence immediately downstream to the tagged DSBs is linearly amplified via T7-mediated in vitro transcription, which has been shown to introduce fewer biases compared with exponential amplification by PCR when amplifying complementary DNA from low-input samples including single cells20,21. PCRによるexponentialな増幅よりin vitro転写によるlinearな増幅のほうが増幅誤差が出にくいということですね。ここで引用されているように、シングルセルRNA-seqでも逆転写>in vitro転写>逆転写によってライブラリを調製する方法があります。

BLISS-seqについて 削除/引用 No.11983-1 - 2023/12/07 (木) 13:31:58 - リアリティ [BLISS is a versatile and quantitative method for genome-wide profiling of DNA double-strand breaks] という論文で（元論文）BLISS-seqという手法が報告されています。 二本鎖切断をゲノムワイドに調べる方法なのですが、原理を示すFigure1で逆転写を行っています。 通常のRNA-seqもそうですが、逆転写によってcDNAを合成しています。 しかし、BLISS-seqでは元々のゲノムの断片化をしているため、わざわざ1回RNAにする必要性がわかりません。 ご存じの方は教えてくれませんでしょうか。

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