最近、当研究室でちょっと問題が起きていて、
1. 学生＋院生からの進言でアガロースゲルからのDNA回収率が10％レベルでしか無いと報告が最近有りまして(どうも一昨年の春先辺りからなので、もっと早く言えよとは思いましたが、SARS関連で学生同士でも情報交換できていなかったみたいで、仕方が無いのかもしれません)
2. 最初、「学生の腕じゃね？」と思っていたんですが、私自身がやっても15％位で、現実殆ど差が無い。EtBrの紫外線照射は今回は全く関係なく(そもそもうちはBlue LEDで、EtBrも使用してないです）、純粋に回収DNAの総量が少ないです。私自身のノートでは、回収率悪くても50%位有ったデータが残っています。
3. なので学生(院生含む）が、現状ゲル回収を忌避する傾向にあります（まあ、当たり前だよね、この数値なら僕も面倒なだけので拒否する）。
4. それに伴い、回収キットを、Qiagen, Promega, Takara, NEBで試してみたんですが、どれも10-20％程度なので、この結果はキットによる差では無いと考えています。pH指示薬も使用しているので、回収ゲルのpHも関連は無いと考えています。
5. なので、回収率の低下で考えられるのは、どうもアガロースの質(現在、使用しているのは、500gで3万程度で、かなり破格な価格ですが、メーカーとしては全国的にはまったく無名なもの）ですが、一方で電気泳動でDNAやRNAのサイズ確認においては全く問題が無い状況です。
6. 以前から同じメーカーの物は使用していて(5年くらい）、最初(っていっても、もう5年くらい前か)はほぼTakaraやNipponeGeneの格安アガロース(LO3とかS)と差が無かったので、使用し始めたのですが、微妙にロット差が出ているのでは無いかと考えています。
7. ちなみに同様な精製キットでのPCR産物の精製は、ほぼメーカーと同じ回収値なので、現状アガロースのロット間差しか原因は考えられないのです。
此所で質問に移るのですが、
a. 皆さんは回収用に何処のアガロース使用していますか？(可能なら製品名書いて下さい、参考にしたいし、購入も視野に入れたいので)
b. そのDNA回収時、何処のメーカーのキット(特にカラム系キット）を使用していますか?(これも可能なら製品名書いて下さい、購入の候補に入れるので)
c. その時の回収率って、メーカーが出している値に近いですか？（詳細な数値が解らない場合、大体の値でもかまいません、今のうちの値より良いと思うでの)
あと、回答で古典的な方法の指摘はいらないです(その方法、特にMCの3rdEdのとか)、私昔々さんざんやった(厳密にはやらされたですけど）ことあります。あくまで、Takara等のメーカーが出しているカラム系キットでの回収率が知りたいのです。
もし可能なら、ご回答のほどよろしくお願いいたします。
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