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KO cell lineの作成
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No.11942-TOPIC - 2023/11/23 (木) 19:40:46 - EEE
Lipofectamineを用いて、KO cell lineを作成しようと考えております。
ゲノムにインテグレーションさせたくないので、Transientにプラスミドを発現させて、GFP positive cellを1細胞で分取し、増殖させて、株を作ろうと考えているのですが、これが最も一般的な方法と考えているのですが、正しいでしょうか。人によって作り方がまちまちなので、どれがいいのか悩んでいます。
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No.11942-8 - 2023/11/25 (土) 18:36:48 - おお
>[Re:6] EEEさんは書きました :
> 基本的にはWesternでバンドの消失を確認したらいいんでしょうかね。
> PCR primerを最初から設定して、バンド長さの違いを見つけることもできのでしょうか。
1ベースの違いを見分けれますかね。配列読むのが王道だと思いますよ。wbで評価するのはありだと思います。
(無題)
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No.11942-7 - 2023/11/25 (土) 18:26:58 - おお
>[Re:3] EEEさんは書きました :
> いずれにしても、ポリクローナルにKO cell lineを作ることは無理ですよね?
In frameでタンパクが発現しているもの、KOできてないものが混じりますけど。近傍2ヶ所を切って切り出す様にした方がもしかしたらより確実かもしれない。
(無題)
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No.11942-6 - 2023/11/25 (土) 02:20:08 - EEE
基本的にはWesternでバンドの消失を確認したらいいんでしょうかね。
NGSをやっている方多いですよね。あるいは、PCR primerを最初から設定して、バンド長さの違いを見つけることもできのでしょうか。
(無題)
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No.11942-5 - 2023/11/24 (金) 14:23:42 - s
シングルKOクローンを複数混ぜてポリクロKOで評価している論文をみたことがあります。
(無題)
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No.11942-4 - 2023/11/24 (金) 06:36:22 - mp
>[Re:3] EEEさんは書きました :
> いずれにしても、ポリクローナルにKO cell lineを作ることは無理ですよね?
生きたまま、KO細胞だけをenrichできれば可能。ただそういう例は少ないかと。
(無題)
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No.11942-3 - 2023/11/24 (金) 03:09:45 - EEE
いずれにしても、ポリクローナルにKO cell lineを作ることは無理ですよね?
(無題)
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No.11942-2 - 2023/11/24 (金) 02:02:46 - おお
それは一つのやり方ではあるけど、人によって作り方が違うのは(それで取れるなら)、どれもやり方として間違ってないからでしょう。数年まえにポスドクがピューロマイシンで一日だけ処理してエンリッチしてその後ピューロを抜いてプレートでシングルセルにしてKOされた細胞をクローン化してました。
KO cell lineの作成
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No.11942-1 - 2023/11/23 (木) 19:40:46 - EEE
Lipofectamineを用いて、KO cell lineを作成しようと考えております。
ゲノムにインテグレーションさせたくないので、Transientにプラスミドを発現させて、GFP positive cellを1細胞で分取し、増殖させて、株を作ろうと考えているのですが、これが最も一般的な方法と考えているのですが、正しいでしょうか。人によって作り方がまちまちなので、どれがいいのか悩んでいます。
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