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ウエスタンブロットで約50~60kDaでバンド検出されるもの トピック削除
No.11900-TOPIC - 2023/11/07 (火) 11:13:36 - MBC
先日、ERK活性を確認する目的でウエスタンブロットを行ったのですが
ERKのバンドと考えられる40〜45kDa付近以外に50〜60kDaあたりに別のバンドが確認されました。これは何のバンドと考えられるのか有識者にいくつか挙げていただきたいのです。
使用した二次抗体はanti-ラビットIgGであったため、IgGの可能性も考えたのですが25kDa付近にバンドは検出されなかったため異なるものであると考えています。
拙い文章で申し訳ございませんがどうかよろしくお願いいたします。
 
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No.11900-9 - 2023/11/10 (金) 09:35:33 - toto
たぶんFRETを使うのが簡単で高感度じゃないですかね。蛍光基Aにペプチドを繋いで、もう片方に他の波長の蛍光基B、あるいはクエンチャーB'を繋いでおくと、ペプチドが切れたら、Bの蛍光か、クエンチャーの場合はAの蛍光が出るようになるという感じです。こんな例がありました。
www.nature.com/articles/s41598-020-67578-2

他にもいろいろあります。クエンチャーのほうが検出には使いやすいです。

(無題) 削除/引用
No.11900-8 - 2023/11/08 (水) 01:02:31 - おお
非リン酸化も認識するErk1/2に対する抗体でそのバンドは検出されますか?もし検出されないなら、いったんはキャラクタライズされてない(たぶんノンスぺ)としておくのがスムーズかもしれません。

もちろん探求心は研究の基本ですから、いろいろ追求するのは悪いことではありません。そのうえで、まず再現性、それからErk1/2のKDなどでそのバンドが見られるのか見られないのか、そのリン酸化ERK抗体のエピトープ部分の配列とERKファミリーの相当する部分とどれぐらい相同性があるのかなど、やれることはあると思います。

実際にその抗体を使った人からコメントがあるとよりいいですが。

(無題) 削除/引用
No.11900-7 - 2023/11/07 (火) 18:21:27 - ち
とりあえず1次抗体のステップとばして2次抗体だけで反応させてみて、50KDaのバンドがでるかどうかみてほしい。とりあえず話はそれからとおもう。

(無題) 削除/引用
No.11900-6 - 2023/11/07 (火) 12:23:55 - MBC
追加で、使用した二次抗体は
Anti-rabbit IgG, HRP-linked Antibody #7074です

(無題) 削除/引用
No.11900-5 - 2023/11/07 (火) 12:21:25 - MBC
皆様コメントありがとうございます。
泳動したサンプルはC57BL/6マウス野生型のBMDMです。

使用した一次抗体は
Phospho-p44/42 MAPK (Erk1/2) (Thr202/Tyr204) Antibody #9101です。
これらの情報だけで質問してしまい申し訳ありません。

(無題) 削除/引用
No.11900-4 - 2023/11/07 (火) 12:21:03 - おお
どこの抗体かというのも重要な情報だと思いますが、、、
この抗体は、**kDaあたりにノンスぺが出るとかいうこともあるので(抗体が違えば解釈が変わるので違う抗体を同じ土俵話しても意味がない)。

意味がないかもしれませんがそれでも書き加えると、
ERKファミリーを検出している可能性はあるのかもしれません。BDのモノクロ、Anti-ERK (pan ERK) Mouseでは50強のあたりにバンドが出るそうです。

DOI:10.1523/JNEUROSCI.20-05-01849.2000
DOI: 10.1074/jbc.272.43.26815

>IgGの可能性も考えたのですが25kDa付近にバンドは検出されなかったため異なるものであると考えています。

Heavy chainを認識するようなものであれば抗体は認識できても、25kDaには反応しませんけど。

(無題) 削除/引用
No.11900-3 - 2023/11/07 (火) 12:06:21 - asan

その情報だけでは可能性が無数にあるのでなんとも言えません。

「ERK1/2のリン酸化抗体」でしたら、世の中でCSTのものなど広く使用されてるものはあるので、crossreactするようなバンドがあれば情報として探せばいくらでも出てきそうです。pan-ERK抗体だとERK1/2以外にもERK2-5とかバリアントなどでバンドが複数あっても良さそうですが一般的にはERK1/2がもっともメジャーなので強く出ると思います。

また、WBのバンドサイズのマーカーは結構不正確なものもあるので10 kDa前後ならずれることも多いです。特に色付きマーカーはそのぐらいの差なら信用しすぎるのもどうかって話もあります。

(無題) 削除/引用
No.11900-2 - 2023/11/07 (火) 11:47:15 - 774R
泳動したサンプルは?

ウエスタンブロットで約50~60kDaでバンド検出されるもの 削除/引用
No.11900-1 - 2023/11/07 (火) 11:13:36 - MBC
先日、ERK活性を確認する目的でウエスタンブロットを行ったのですが
ERKのバンドと考えられる40〜45kDa付近以外に50〜60kDaあたりに別のバンドが確認されました。これは何のバンドと考えられるのか有識者にいくつか挙げていただきたいのです。
使用した二次抗体はanti-ラビットIgGであったため、IgGの可能性も考えたのですが25kDa付近にバンドは検出されなかったため異なるものであると考えています。
拙い文章で申し訳ございませんがどうかよろしくお願いいたします。

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