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(無題) 削除/引用 No.11892-19 - 2023/11/13 (月) 12:40:43 - あの 先の書き込みは、以前からいる”あの”です。 最近、別の人が　同じ名前”あの”を使っていてややこしい。 なお、当方は、バイオのテクニカルなトピックにしか書き込みません。

(無題) 削除/引用 No.11892-18 - 2023/11/12 (日) 18:28:55 - あの 繰り返しになりますが、 　SDをN数の平方根で割るとSEです SE を棒グラフなどで使うメリットは、直感的に二つのグループ間の有意差を把握しやすいことです。次の比較で把握できます: 　大きい方のグループの平均値マイナスSE 　小さい方のグループの平均値プラスSE 前者が大きければ二つのグループ間で優位差ありと把握できて(n数にもよるけど)、後者の方が大きければ優位差無しと把握できる。 一方、当方の印象ですが、臨床系の論文などでは、同一郡内のバラツキが大きいか小さいかを把握しやすいので、ＳＤを使うこともあると感じています。

(無題) 削除/引用 No.11892-17 - 2023/11/12 (日) 10:56:10 - おお >[Re:15] ちょっとさんは書きました : > replicateでn=1で出たエラーバーはpipetting errorを意味しますが、これはSDと同義になりますでしょうか？ SDは分布を反映していて、SEMは本当の値がある範囲みたいな感じでなかったでしたっけ。

(無題) 削除/引用 No.11892-16 - 2023/11/12 (日) 09:28:32 - ちょっと すみません、ありがとう、ではなく、ありがとうございます。です。 自動変換をミスしてしまいました。

(無題) 削除/引用 No.11892-15 - 2023/11/12 (日) 08:55:04 - ちょっと あああさん、おおさん、ありがとう。 教えていただいたJCBには、replicateとreproducibilityの違いとしてクリアに書かれてありとてもわかりやすかったです。 triplicateの実験を一度行った場合はやはり施行回数はn=1になると書かれていて同じ認識であって良かったです。 replicateでn=1で出たエラーバーはpipetting errorを意味しますが、これはSDと同義になりますでしょうか？

(無題) 削除/引用 No.11892-14 - 2023/11/11 (土) 19:53:20 - おお >[Re:12] ちょっとさんは書きました : > > また、 > 仮にこの実験がやはりんn＝1であったなら、そう正直に論文に書けば投稿しても問題ないようなものでしょうか？ジャーナルごとで、independentな実験を最低３回以上は行うことと明文化されてるものでしょうか。 実験や観察が1回限りしか行えないものであれば、そのデーターだけを持って議論する事は可能です。それ以外の場合、再現性はサイエンスの基本事項です。

(無題) 削除/引用 No.11892-13 - 2023/11/11 (土) 18:05:38 - あああ 私が留学していた時（その留学生の立場だった時）、同じように3ウエルでn=3で論文をNCSに投稿しました。ボス（last author)は何も言いませんでしたが、レビューワーからエラーバーが小さすぎておかしいと指摘を受け、ボスからはJCB(10.1083/jcb.200611141)を読めと言われ、結局３回別日にやったデータで置き換えました。 レビューワーのような第三者の指摘を受けないとなかなか受け入れにくいのがその留学生の心情だと思いますが、丁寧に説明するしかないと思っています。

(無題) 削除/引用 No.11892-12 - 2023/11/11 (土) 17:46:37 - ちょっと 私のラボでも今同じような状況で揉めています。 とある実験を留学生にお願いし、ある刺激によりある表現型が現れるかを検証させたのですが、 やはり私のラボでもセルラインを６ウェルまいて、３ウェルには無刺激（空プラスミド導入）、３ウェルには刺激（X遺伝子を持つプラスミド導入）を与えて、６つからcDNAを調製し、遺伝子の発現を見ています。 私の理解ではこれは実験の施行数としては１です。 なので、この実験を最低でも３回はやる必要があるのでは？と留学生に伝えても、いやこれは３回行っているし、それで再現性が認められてるから必要がないだろう。と言われます。 皆様の見解はいかがでしょうか？ また、 仮にこの実験がやはりんn＝1であったなら、そう正直に論文に書けば投稿しても問題ないようなものでしょうか？ジャーナルごとで、independentな実験を最低３回以上は行うことと明文化されてるものでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.11892-11 - 2023/11/05 (日) 03:42:05 - おお 例えば、シーディングプレートをあらかじめ3つ用意する。 朝、その一つを使って細胞を撒き実験を始める。 昼もう一つのシーディングプレートを使って実験を始める。 ゆうがたにもう一つ。 細胞の回収日もそれぞれ朝、昼、夕方に行なって、解析を進める。解析をまとめてやるのは厳密には解析の部分が一回に絞られ独立性を保てないと言えなくもないけど、その縛りによって特定のサンプル群に影響が出るような事は無いだろうから、それでも大丈夫だろうと思える。

(無題) 削除/引用 No.11892-10 - 2023/11/04 (土) 21:50:36 - とう み先生 ありがとうございます。 私も同意です。 あとすみません、tech. rep.でした。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用 No.11892-9 - 2023/11/04 (土) 19:44:01 - み >[Re:8] とうさんは書きました : > 先生方 > > ありがとうございます。 > 同じ日に細胞を6ウェルにまき、3つにempty plasmidを、残りの3つに遺伝子Aをトランスフェクションし、それぞれからcDNAを調製する 僕は　おおさんの考え方ですね。 テクニカルリプリケートと思います。実験上手い人なら殆ど誤差生じないでしょうね このトリプリケート実験を何回リピートして毎回同様の結果が得られたと提示する場合もあると思います。 細胞まくところからリピートして再現性みないと心配じゃないですか。

(無題) 削除/引用 No.11892-8 - 2023/11/04 (土) 17:33:50 - とう 先生方 ありがとうございます。 同じ日に細胞を6ウェルにまき、3つにempty plasmidを、残りの3つに遺伝子Aをトランスフェクションし、それぞれからcDNAを調製する、というのはbiological replicateに過ぎないと思っていました。 independentな実験というと細胞を撒くところからではないといけないのでは？と。 時間がかかっても再現性があるのかどうかは別日に実験をやり直すことでしか分からないと思っていました。 おお先生は私の見解に近いような気がしています。 他の先生方はあああ先生かおお先生か、お聞きしたいです。

(無題) 削除/引用 No.11892-7 - 2023/11/04 (土) 10:32:30 - あああ 別日に３回実験する方がシンプルですが、日を変えて同じことを３回も繰り返すのは時間がかかるし面倒なので前提で書くと、 同じ日に実験すると、同じ培養状態の細胞を３分割して使ったり、同じロットの試薬や希釈液を３分割して使ったりするので平均値が偏ったり誤差が小さくなったりします。エラーバーが非常に小さいn>=3のグラフを見かけますが、ピぺっティングの誤差になってるせいです。それを正しく考慮して独立性を保てれば、同じ日でも独立した実験にできます。３回繰り返すよりは早くは終わります。 説明足りてますか？

(無題) 削除/引用 No.11892-6 - 2023/11/04 (土) 02:35:13 - おお >[Re:5] あああさんは書きました : > 同じ日に３回やってもindependent のn=3ですよ。 それはそうですが、誤解を招かないかちょっと不安です。もうちょっと説明が必要かなと思うのですが。

(無題) 削除/引用 No.11892-5 - 2023/11/03 (金) 22:04:20 - あああ 同じ日に３回やってもindependent のn=3ですよ。 ばらつきの原因がピペッティングになってるn=>3のグラフは見かけますが、NCSだとすぐレビューわーに指摘されます。

(無題) 削除/引用 No.11892-4 - 2023/11/03 (金) 16:00:02 - あの SDをN数の平方根で割るとSEです

(無題) 削除/引用 No.11892-3 - 2023/11/03 (金) 11:07:32 - おお >私の理解では、この実験をすることでn = 3の平均とSDが出ると理解していますが、これはindependent experimentではないため、SEは出ないと考えていますが、正しいでしょうか？ SDもSEも出せますが、independent experimentではありません。少なくとも３回実験を繰り返してください。independent experimentを平たく言うと再現性が取れるか否かです。一回の実験で３つｃDNAを作っても、その実験に再現性があることを示せません。個人的には一回の実験で１つのｃDNAでいいと思いますが、実験のブレなどが気になるなら２Wells以上とっても構いません。 また、一回の実験で３Wellsとって統計的有意差をみるのなら、その実験を３回やって（場合によっては２回でもなんとかなる、特に論文の主張でクリティカルな実験でないなら）、同じようなグラフが３回作れるといったやり方でも再現性は主張できます。

(無題) 削除/引用 No.11892-2 - 2023/11/03 (金) 10:27:00 - とう 申しわけありません。途中で送ってしまいました。 教えてください。 一過性に遺伝子Aのtransfectionによって培養細胞で遺伝子Bが誘導されるとします。 この現象を統計解析により検証したいです。 Day1 培養細胞に遺伝子Aを導入し、Day2でRNA抽出、cDNA合成、qRT-PCRによりGapdhに比べた時の相対的な遺伝子Bの発現量を調べる。この時transfectionはtriplicateで行う。そのためcDNAは３つ作製できる。また、controlとしてemptyベクターのtransfectionをtriplicateで行う。そのためコントロールcDNAも３つ作製できる。 私の理解では、この実験をすることでn = 3の平均とSDが出ると理解していますが、これはindependent experimentではないため、SEは出ないと考えていますが、正しいでしょうか？ やはり別日にtransfectionからの実験を3度繰り返してSEを出すのが正しいと思っています。 あるいはこれでもindependent experimentだと論文に書けるでしょうか？ 大変初歩的な質問で恐縮ですが、教えていただけましたら幸いです。

実験について 削除/引用 No.11892-1 - 2023/11/03 (金) 10:25:06 - とう 教えてください。 一過性に遺伝子Aのtransfectionによって培養細胞で遺伝子Bが誘導されるとします。 この現象を統計解析により検証したいです。 Day1 培養細胞に遺伝子Aを導入し、Day2でRNA抽出、cDNA合成、qRT-PCRによりGapdhに比べた時の相対的な遺伝子Bの発現量を調べる。この時transfectionはtriplicateで行う。そのためcDNAは３つ作製できる。 私の理解では、この実験をすることでn = 3の平均とSDが出ると理解していますが、これはindependent experimentではないため、SEは出ないと考えていますが、正しいでしょうか？ やはり別日にtransfectionからの実験を3度繰り返してSEを出すのが正しいと思っています。

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