Bio Technical フォーラム

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ATAC-seqをするための条件 トピック削除
No.11884-TOPIC - 2023/10/30 (月) 09:12:36 - DAN
培養細胞にリガンド刺激を行い、数日経つとepigeneticに変化があるのではないかという仮説の元実験を行っています(過去に全く系譜の異なる細胞ではエピジェネティツクスに変化があることが知られています)。

まずは、ATAC-seqで広くエピジェネティックの変化を見て、それで違いがあれば、細かな変化を見ようと考えております。

まずは、RNA-seqで差があるかを見ようと考えていますが、ATAC-seqは高価なので、よほどの根拠がなければ、行えないと考えているのですが、前提となる実験ってどのようなものが考えられるのでしょうか。

もちろん、ここのpromoterに対するPCRが行えるかをバイサルファイト法とかで見る方法があるのはわかるのですが、ATAC-seqの前の前提条件とか定石といったものがよくわかっていません。

どなかたご経験のある方いらっしゃいますか。
 
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(無題) 削除/引用
No.11884-3 - 2023/10/31 (火) 15:57:24 - ううう
価格はお問い合わせのとこばかりです。高価ということですが、おいくらぐらいするんでしょうか。

(無題) 削除/引用
No.11884-2 - 2023/10/30 (月) 14:01:38 - s
10万程度の細胞数で結果を見ることができますよ。

ATAC-seqをするための条件 削除/引用
No.11884-1 - 2023/10/30 (月) 09:12:36 - DAN
培養細胞にリガンド刺激を行い、数日経つとepigeneticに変化があるのではないかという仮説の元実験を行っています(過去に全く系譜の異なる細胞ではエピジェネティツクスに変化があることが知られています)。

まずは、ATAC-seqで広くエピジェネティックの変化を見て、それで違いがあれば、細かな変化を見ようと考えております。

まずは、RNA-seqで差があるかを見ようと考えていますが、ATAC-seqは高価なので、よほどの根拠がなければ、行えないと考えているのですが、前提となる実験ってどのようなものが考えられるのでしょうか。

もちろん、ここのpromoterに対するPCRが行えるかをバイサルファイト法とかで見る方法があるのはわかるのですが、ATAC-seqの前の前提条件とか定石といったものがよくわかっていません。

どなかたご経験のある方いらっしゃいますか。

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