Bio Technical フォーラム

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PCR プライマー 必要数 トピック削除
No.11865-TOPIC - 2023/10/19 (木) 18:57:51 - sea squirt
 初めまして。いつも参考にさせていただいています。
 
 新たに遺伝子発現の検討を行うためプライマーを作製しようと考えています。
基本的に一遺伝子当たりいくつのプライマーを用意すればよいでしょうか。(増幅効率などの観点から)
 
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No.11865-7 - 2023/10/20 (金) 09:21:02 - 774R
シュードジーンの存在にも気をつけた方がいいです。

(無題) 削除/引用
No.11865-6 - 2023/10/20 (金) 09:06:27 - sea+squirt
皆様

色々とご助言をいただき、ありがとうございます。


頂いたご指摘でかなり勉強になりました。ありがとうございます。

(無題) 削除/引用
No.11865-5 - 2023/10/20 (金) 03:44:47 - おお
スプライシングなどのバリアントの存在とか、予測されたものとか把握してますよね?

あまりゲノムなどの解析が進んでなくてそういうデーターがない場合は確かに複数という考えになるかもしれませんね。

(無題) 削除/引用
No.11865-4 - 2023/10/20 (金) 00:43:14 - おお
あらかじめデザインされて売っているものなら、1ペアーでやってみていいと思う。ただ個々の実験環境によってはそれがベストでない可能性はないとは言えない。あらかじめデザインされたものが2種類あるのなら2種類でやってみてもいいのかもしれません(もし買い直しが面倒なら)。

個人的には1ペアーあればいいかなと思ってはいますが、それは研究者のスタイルというかそういうものにも依存すると思うので、何とも言えません。

よくないプライマーセットができる可能性を考えているなら、2ペアー買ったとして違う結果が出た場合、何を根拠にどちらを選ぶかという話にもなります。そうすればもう1ペアー買って同じ結果がでる物をデーターにするとかっている話にもなってしまいます。

作り方によっては2ペアー作ると4通りの組み合わせで検出できるというのも考えられます。100ベース強のペアーを作りその内側にもうひとペアー作るという感じです。まあこれで挙動が一致するデーターが妥当性があるといえるだろうからいいかなと。ただし、同じ個所を増幅していることが場合によっては落とし穴になる可能性はあります。

どうかなぁ。経験豊富な皆さんはおそらく1ペアーでとりあえずやるんじゃないかなぁ。

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No.11865-3 - 2023/10/19 (木) 22:39:13 - 774R
最低2本は必要

(無題) 削除/引用
No.11865-2 - 2023/10/19 (木) 19:06:41 - 太郎
「タカラバイオ リアルタイムPCR実験ガイド」を参照するとよいと思います。

PCR プライマー 必要数 削除/引用
No.11865-1 - 2023/10/19 (木) 18:57:51 - sea squirt
 初めまして。いつも参考にさせていただいています。
 
 新たに遺伝子発現の検討を行うためプライマーを作製しようと考えています。
基本的に一遺伝子当たりいくつのプライマーを用意すればよいでしょうか。(増幅効率などの観点から)

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