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NIHのデータベースで(protein)で検索した時のpartialについて トピック削除
No.11834-TOPIC - 2023/10/08 (日) 12:13:45 - ABCBC
NIHのNational Library of Medicineでタンパク質を検索した時に、タンパク質名（仮にAAとします）の後にpartialと書かれているものがあります。

この意味合いについて教えていただけましたら幸いです。

タンパク質AAがあるけれど、全長がわからなくて、部分的な配列なのでしょうか？

それともタンパク質AAのアイソフォームとして、AAのpartialがあると考えればよいのでしょうか？

宜しくお願い致します。
　
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(無題) 削除/引用
No.11834-5 - 2023/10/10 (火) 16:25:40 - ABCBC
＞おおさん

ありがとうございます。
やってみます。

(無題) 削除/引用
No.11834-4 - 2023/10/09 (月) 13:19:21 - おお
>partialと書いてあっても、解析が進んで、全長であると確定したものもあるのかが知りたいです。

その配列でＢＬＡＳＴサーチ（相同性検索）をかけてください。データーベースはＲｅｆＳｅｑに絞るといいでしょう。あるいはアルゴリズムパラメーターの期待値を思いっきり下げて１００％Ｉｄｅｎｔｉｃａｌな配列がほとんどになるようにするか。
blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

または、Geneから検索
www.ncbi.nlm.nih.gov/gene

UniProtも使えると思う。

www.uniprot.org/

(無題) 削除/引用
No.11834-3 - 2023/10/09 (月) 08:53:32 - ABCBC
>おおさん

ありがとうございます。
論文はすべて読めていませんが、一部であることはわかりました。

partialと書いてあっても、解析が進んで、全長であると確定したものもあるのかが知りたいです。

データベースの見方がわからなくて、四苦八苦しています。

(無題) 削除/引用
No.11834-2 - 2023/10/08 (日) 14:37:40 - おお
意図的の場合も含め、得られた配列cDNAから得られた、アミノ酸配列。その実験で全長が示されてないだけで、本当に全長がわからないかは別。

ESTなどを含め片っ端からシーケンスをしてはいれつを決めていくプロジェクトで、そのプロジェクトで同定できた配列。これも本当に全長がわかってないか別。

例えば
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/BAA21012.1
213アミノ酸が示されているが、リファレンスを見ていくと (residues 1 to 213)と明示されたものが出てくる。そのリファレンスを探るとなぜ部分的かわかるとおもう。

REFERENCE 3 (residues 1 to 213)
AUTHORS Nakajima,H., Noguchi,T., Hamaguchi,T., Tomita,K., Hanafusa,T.,
Kono,N., Tanaka,T., Kuwajima,M. and Matsuzawa,Y.
TITLE Expression of mouse phosphofructokinase-M gene alternative
transcripts: evidence for the conserved two-promoter system
JOURNAL Biochem. J. 303 (PT 2), 449-453 (1994)

NIHのデータベースで(protein)で検索した時のpartialについて 削除/引用
No.11834-1 - 2023/10/08 (日) 12:13:45 - ABCBC
NIHのNational Library of Medicineでタンパク質を検索した時に、タンパク質名（仮にAAとします）の後にpartialと書かれているものがあります。

この意味合いについて教えていただけましたら幸いです。

タンパク質AAがあるけれど、全長がわからなくて、部分的な配列なのでしょうか？

それともタンパク質AAのアイソフォームとして、AAのpartialがあると考えればよいのでしょうか？

宜しくお願い致します。
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