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(無題) 削除/引用 No.11829-5 - 2023/10/08 (日) 08:46:41 - AAA ありがとうございます。まさかEGFRがこんなに巨大なタンパク質だったとは知りませんでした。 今回化合物のドッキングシミュレーションをするのが目的で、 AA 760~830あたり薬物のbinding siteとして機能するようなので2GS2のほうを使ってやってみるのがよさそうです。 ttps://www.researchgate.net/publication/230810804_Computational_study_of_EGFR_inhibition_Molecular_dynamics_studies_on_the_active_and_inactive_protein_conformations

(無題) 削除/引用 No.11829-4 - 2023/10/06 (金) 21:15:02 - qq 1ivoは、 TITLE Crystal Structure of the Complex of Human Epidermal Growth Factor and Receptor Extracellular Domains. ExecutiveLoad-Detail: Detected mmCIF 2GS2は、 TITLE Crystal Structure of the active EGFR kinase domain ExecutiveLoad-Detail: Detected mmCIF でした。

(無題) 削除/引用 No.11829-3 - 2023/10/06 (金) 18:26:29 - G25 EGFRには沢山のisoformがありますが、どちらもEGFRの全長ではなく一部分の断片です。 このisoformをリファレンスにしますと、 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/protein/NP_005219.2 全長1210 aaのうち、 1IVO_1は aa 25-646 2GS2_1は aa ~695-1022 で、オーバーラップはありません。 多分、結晶解析によるタンパク質の立体構造のデータベースかなにかから取ってきた配列だと思います。 全長を結晶化して構造を解くというのは、特にEGFRのようにデカくて多くのドメインがあるようなタンパク質では容易ではないので、一部のドメインを切り取って調べることは多いですよね。その2つの配列はそのような目的で取られた部分配列じゃないですか？

(無題) 削除/引用 No.11829-2 - 2023/10/06 (金) 17:28:36 - AAA こちらの２つです PDBID：1IVO ttps://www.rcsb.org/fasta/entry/1IVO/display PDBID：2GS2 ttps://www.rcsb.org/fasta/entry/2GS2/display

２つの同じタンパク質のアミノ酸配列が全く違う 削除/引用 No.11829-1 - 2023/10/06 (金) 17:26:08 - AAA いつも勉強させてもらっています。 EGFRタンパク質のアミノ酸配列と立体構造を調べています。 おなじヒトのEGFRの２つのものとされているアミノ酸配列を比較しています。 ２つ配列を比べてみると、まるで別のタンパク質であるかのように全く配列が異なります。LALIGNで比較してみても、一致する箇所が全くありません。 なぜこのような違いが生じたのでしょう？ ご教示いただけますでしょうか。

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