Bio Technical フォーラム

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ensemble の検索結果の出力 トピック削除
No.11818-TOPIC - 2023/10/02 (月) 15:30:56 - もち
ensembleで遺伝子のキーワード検索でヒットしてきたgeneのgene IDなどのリストをファイルに出力する方法を教えてください。
NCBIではgene ID やらaccession IDやらgene descriptionやらが記載された検索結果を出力できるのですが、ensemble IDのリストが欲しい状況です(今はNCBIで出力したIDをbiomartでensemble IDに変換していますが直接できないかと思いまして.....)
 
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No.11818-4 - 2023/10/04 (水) 09:24:13 - ume
なんでしょうそのエラー。若干今日重たい気がするのでそのせいかもしれないですね。
以下に、私が接続できたURLを載せますね。頭にhを補ってください。
ttps://asia.ensembl.org/Multi/Search/Results?q=oct4;site=ensembl;style=table

これでうまくアクセスできない場合は、もちさんの環境に何か問題がある可能性があります(ブラウザ、firewall、地域?など)。

(無題) 削除/引用
No.11818-3 - 2023/10/03 (火) 21:44:22 - もち
tableアイコンを押すとなぜかエラーが出て、Please check that you have typed in the correct URL or else use the site search facility to try and locate information you require.
If you think an error has occurred, please contact our HelpDesk というメッセージが出て来てしまいます......

(無題) 削除/引用
No.11818-2 - 2023/10/03 (火) 09:47:09 - ume
ensembleでキーワード検索した結果の画面で、layoutをTableにして、右上のエクセルのマークをクリックしたら手に入りませんか?
1000までしかダウンロードできなそうですが。

ensemble の検索結果の出力 削除/引用
No.11818-1 - 2023/10/02 (月) 15:30:56 - もち
ensembleで遺伝子のキーワード検索でヒットしてきたgeneのgene IDなどのリストをファイルに出力する方法を教えてください。
NCBIではgene ID やらaccession IDやらgene descriptionやらが記載された検索結果を出力できるのですが、ensemble IDのリストが欲しい状況です(今はNCBIで出力したIDをbiomartでensemble IDに変換していますが直接できないかと思いまして.....)

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