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RNA-Seqカウントツールの違い 削除/引用 No.11817-1 - 2023/10/02 (月) 11:43:39 - もち RNA-Seqのカウントツールを色々試しているのですが、同じgeneIDなのにツールごとに全然違う数値が出てきます。 手順としては、trimgaloreでトリミング＆QCし、その後hisat2でmapping, samtoolsでソートBAMファイルに変換、そしてstringtieまたはfeatureCountsまたはHTSeqでカウントしました。あとhisat2とRSEMでもカウントしてみました。 大体のgeneIDでは傾向は似ているのですが、たまにツールによって全然違う（HTseqでは数万のカウントなのにrsemやfeaturecountでは0に近いカウント）を示すgeneがあります。 この原因はなんなのでしょうか？またこうなってしまった場合はどう対応したらよいのでしょうか？

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