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(無題) 削除/引用 No.11780-4 - 2023/09/15 (金) 01:29:01 - おお RNA-Seqなどの網羅的解析で、特定の内部標準を使っているのは見たことがないというか、あまりやってないのではないかと思いますが。 まず、RNA-Seqにしてもほかの実験系にしろある意味ツールとして使うわけで、委託するにしても、なんかのキットに従い自信でやるにしても、大まかなことは何らかの成書なりで読んで把握しておくべきではないでしょうか。 そのうえで自身の実験において特定の内部標準で見るべきという判断があり、その根拠がほかの人に理解できるようであればそれはそれでやり方ではあります。 ｑＰＣＲにおいて、違う組織間で内部標準をどうするのかは非常に悩ましい問題で、いろいろな組織において内部標準を比べたという論文があるくらいですので選ぶとしても慎重な対応が必要です。だからと言ってグローバルスタンダードが絶対とも限りませんが無難ではあるとはいえるでしょう。また、細胞あたりのＲＮＡ量補正が必要という考え方もあります。組織はいろいろな細胞が混在するのでどこまで対応できるかという問題もありますが。 NCBI の geneのデーターベースでは組織間の比較をRPKM (Reads Per Kilobase per Million mapped reads）で示してます。例えば、 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/7161 少しスクロールダウンすると見れます。

(無題) 削除/引用 No.11780-3 - 2023/09/14 (木) 19:33:59 - TS 際→差異

(無題) 削除/引用 No.11780-2 - 2023/09/14 (木) 19:32:57 - TS できるというか、解釈とその限界の問題ではないでしょうか。TPMで比較すれば、転写産物に対してどのくらい差があるのかが議論できるでしょう。Reference geneを使えば、そのreference geneの組織間の際も議論になるでしょう。

異なる組織間でのRNA-Seq 削除/引用 No.11780-1 - 2023/09/14 (木) 17:53:58 - もち RNA-Seq素人なのですが、異なる組織間でRNA-Seqデータを比較することは可能でしょうか？ TPM等で直接比較するのでしょうか？それとも発現量の多い遺伝子やqPCRで用いる内在性コントロール遺伝子の発現量を標準として補正した値を用いるのでしょうか？

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