全5件 ( 1 〜 5 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用 No.11764-5 - 2023/09/10 (日) 11:02:41 - ゆう みなさま貴重なご意見ありがとうございます。qPCRの結果がメインではなくsuppl的な存在ですので、まずは別のいくつかの内部標準遺伝子を用いて同等な結果がでるかをまずは示してみたいと思います。

(無題) 削除/引用 No.11764-4 - 2023/09/05 (火) 21:47:19 - asan >Normalization against a single reference gene is not acceptable unless the investigators present clear evidence for the reviewers that confirms its invariant ex- pression under the experimental conditions described. と記載されてるのでしたら、使用したインターナルコントロール（ハウスキーピング遺伝子）の発現が条件によって変動してないこと、または（さらに）、DNAの濃度依存的に定量的に増幅されることをCq値などでリバトルレターで具体的に示せばいいと思います。 簡単にできるなら、有名どころのハウスキーピング遺伝子複数で全てのデータを取り直して一貫性があることを示してもいいですが、該当するFigureが多くて面倒なら上記のようなデータでできる限りやり直さなくても納得してもらえるようなデータを出せばいいと思います。 代謝酵素関連のハウスキーピング遺伝子とかだとそもそも動く場合もありますしね。そのような研究なのか、あるいはリビュワーが結構細かい人なのかって感じですかね。

(無題) 削除/引用 No.11764-3 - 2023/09/05 (火) 17:23:22 - G25 >異なる内部標準遺伝子を用いて解析した場合も同様の結果をなることを示せばいいのでしょうか？ まあそういうことなんですけど。 なにが問題かと言うと、一般的にコンスタントに発現している考えられていて内部標準に選ばれる遺伝子であっても、あなたの実験処理、あなたの実験条件では、発現量が変動しているかもしれないじゃないですか。 その可能性を排除するような証拠が求められているということでしょう。 複数の遺伝子を内部標準にして同様の結果が示されれば、一定の説得力があるでしょう（採用した遺伝子が一斉に同様の変動をしていると疑えなくもないけど）。あるいはあなたの実験条件で、内部標準に採用した遺伝子の発現量は変動しないということを証明するか。

(無題) 削除/引用 No.11764-2 - 2023/09/05 (火) 16:14:17 - F 下記の記述のことでは。 https://academic.oup.com/clinchem/article/55/4/611/5631762 Normalization involves reporting the ratios of the mRNA concentrations of the genes of interest to those of the reference genes. Reference gene mRNAs should be stably expressed, and their abundances should show strong correlation with the total amounts of mRNA present in the samples. Normalization against a single reference gene is not acceptable unless the investigators present clear evidence for the reviewers that confirms its invariant ex- pression under the experimental conditions described. The optimal number and choice of reference genes must be experimentally determined and the method reported (71–73 ). 複数の内部標準〜 今回用いた内部標準が例えばActbのみなら、Gapdhや18sで補正した結果も提示する。 内部標準遺伝子のgene stability〜 各サンプルの内部標準の発現量がmRNAの濃度と一致することを示す。 もしくは、複数の内部標準で補正した結果が同じ傾向の結果であれば、それをもって代わりにすることもできるかも。

複数の内部標準遺伝子を用いたqPCR 削除/引用 No.11764-1 - 2023/09/05 (火) 11:14:28 - ゆう 論文のreviseにおいて、reviewerから、「RT-qPCRは、複数の内部標準遺伝子を用いることが必要である。これは、MIQE guidelines (PMID: 19246619)にも記載がある。」 といわれました。複数の内部標準遺伝子を用いたqPCRの結果解析というのは可能なのでしょうか？それとも、異なる内部標準遺伝子を用いて解析した場合も同様の結果をなることを示せばいいのでしょうか？ さらに、「用いた内部標準遺伝子のgene stability informationを出せ」といわれました。これは何のことなのでしょうか？ ご意見おきかせください。

全5件 ( 1 〜 5 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を

チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する 名前  メール  　アドレス非公開    タイトル  本文       設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます） 上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません） 解決（問題が解決した際にチェックしてください） 暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。 送信

---

〔使い方〕 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。

---