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ありがとうございました 削除/引用 No.11718-10 - 2023/08/19 (土) 01:10:17 - 通りすがり 　皆様、有意義なコメントありがとうございました。遅ればせながらの補足ですが、、、 　大半の方がおっしゃる通り、両方やってRatioを出すのが科学的な面から最善なのは理解しております。ただ、この実験は他の研究室の論文のお手伝いで、（時間も資金もゆとりがあった）２年以上前に行ったものという事情があります。自分では、リン酸化のものだけを見れば合格点（８０点）くらいかなと思っていたものが、Reviewerに結構きっちりRatioを要求されたので、「あれ、実は５０点くらいなのかな」と不安を持つに至りました。 　確かに、自分や自分の研究室の論文なら、素直に追加実験をすると思います。ただ、資金も時間も厳しい現在では、ぎりぎりでも合格点なら追加実験なしで何かReviewerに納得してもらうことはできないかと思い、こちらでご相談させていただいた次第です。 　いろいろとご意見いただきありがとうございました。

(無題) 削除/引用 No.11718-9 - 2023/08/18 (金) 22:01:09 - あの 再開は誤字で、正しくは再会。

(無題) 削除/引用 No.11718-8 - 2023/08/18 (金) 21:59:55 - あの 近い将来に、同じレビュアーなどに、別のジャーナルに投稿後に再開する可能性もありえる。 何よりも、時間と手間をかけてくれたレビュアーやエディタに感謝の気持ちを持って、 真摯にアドバイスを前向きに受けとめたほうが、長い目で見たときに自分を成長させられる。

(無題) 削除/引用 No.11718-7 - 2023/08/18 (金) 20:59:42 - asan リン酸化”シグナル”の変化、という生化学的現象を示唆した論文、という点において明らかにする上では、リン酸化/非リン酸化フォームの変化を知りたいとレビューで指摘される場合があるのは別に特別不自然とまでは言えないでしょう。しかし、そもそも論として、では別のトータルタンパク質で割ったらリン酸化プロテインの細胞内での量的変化は追えるから、シグナルとしては活性が高まるだろうという主張はだめか、と言われれば100%否定されるものとまでは言えないと思います。 ただ、一般的に単純に「やるのが面倒」とか「それだけで抗体を買いたくない」などの研究結果の意義とは直接無関係な消極的理由を全面にしてレビューに答えるというのは研究者のレビューワーの受け止めとしては心象は非常に悪いですね。現実問題そのような理由があったり、たとえ論文のレベルが低いから手間をかけたくないという意図があるにせよ、データに対して真摯に向き合ってできることは最大限やって自分の主張する結論を担保するという前向きな視点であるべきだと思います。レビュワーからしたら、「じゃああなたのデータは我々の論文に通す価値はないですね」と言われてもしょうがないような意見にも聞こえます。心象そのような意図があったとしても、例えば代替案としてより簡便な方法でそれに変わる結果でな得してもらうとか、努力してるけど綺麗に検出できる抗体が入手困難とか、どうしてもという場合に限り言い訳するべきかと。レビューでvivoのデータがほとんどないのでこれだけでは証明が不十分なのでKOマウスなどを用いた検証をすべき、と言われたものへの反論で「指摘されたvivoの結果は確かに重要だが、時間もかかるしそこまでやるのは今回の論文の”beyond the scope of this paper"だ」などと言い訳して通ってるものは見たことはありますが、トータルWBをやる程度のもので下手な言い訳をすると心象は悪そうですね。 結論として、面倒といってもそれほど時間がかかるものでもないし、抗体数個かうのも十数万ぐらいの話なので、それを出せば論文が通る蓋然性がたかそうなレビューなら、多少論文の質が低かろうがその論文に投稿してる以上多少の労力かければやれることは最大限やってしまうってスタンスで自分なら考えて割り切ってやると思います。そのせいで蹴られて再度別のジャーナルに投稿し直す方が時間の無駄って思いませんか？

(無題) 削除/引用 No.11718-5 - 2023/08/18 (金) 19:55:47 - １ 当該タンパク質の量がふえたために見かけ上、リン酸化が亢進しているようにみえているのと、実際にリン酸化が亢進しているのとでは、生物学的には一応、別個の現象ですから、そうしたデータをみた読者はどちらなのかを知りたいと思うし、それを明確にするためにリン酸化formと当該タンパク質の量の比のデータは必要と思います。読者は著者の関心事と同じことにのみ関心があるわけではないので、1~2日程度でおわるごく簡単な実験で済むことですし、そのぶんFigも増えるしDiscussionでも考察できるのですから普通はするとおもいます。 雑誌の採択の難易度で実験をするしないを判断するのは違うと思います。

(無題) 削除/引用 No.11718-4 - 2023/08/18 (金) 11:00:49 - G25 リン酸化体だけ見て増減を論じても、リン酸化/脱リン酸化反応の促進・抑制によるとは限らず、タンパク質量自体の増減である可能性を否定できないから、とか。 標的タンパク質の全体量あるいは非リン酸化体と、リン酸化体の「比率」の増減を示して初めて、リン酸化/脱リン酸化反応がスイッチになっていることが言える。もしそのように主張するなら裏付けとなる実験が求められるでしょう。そうでなければ、リン酸化反応のがスイッチによるという主張を弱めてspeculationにするとか、リン酸化体の増減のメカニズムを論議しないとか。 >全体が２倍になると、実は効果の増減は０みたいなことなのでしょうか。 それはあり得るよね。例えばリン酸化体と非リン酸化体が一つのターゲットにたいして競合的に作用して、リン酸化体だけがエフェクターとなり非リン酸化体はアンタゴニストとになる場合（visa versa)とか。

(無題) 削除/引用 No.11718-3 - 2023/08/18 (金) 09:12:32 - てってってー 目的にもよるんじゃないかと思われます タンパクのリン酸化が増えたことを述べたければトータルタンパクの測定はmustでしょう この組織でもリン酸化タンパクは存在するよ、という目的であればトータルタンパク質は不要かもしれません 質問の試験はどのような位置付けなのかは分かりませんが、少なくともレビュアーは必要だと判断したようです。ただ、あなたは不要だと思われるのであれば、その理由を合理的にレビュアーに説明してあげればいいんじゃないですかね 私の周りの方はWBでリン酸化タンパク質を見るときはリプローブしてついでにトータルも見てるのですがみんながみんなそうではないのですね...

(無題) 削除/引用 No.11718-2 - 2023/08/18 (金) 09:02:18 - おお Descriptiveな結果もデーターといえるので、トータールを出すのは下流のシグナルへの説明に寄与しなくても論文としてよりしっかりしたものとみることができます。

リン酸化／トータル　Ratio 削除/引用 No.11718-1 - 2023/08/18 (金) 08:54:41 - 通りすがり 　Revisionの折に、Reviewerに、（とある分子の）リン酸化タンパクのWBだけでなく、トータルもWBし、Ratioを出すように言われました。素人考えで、感覚的に、リン酸化の方だけが作用を持つ（非リン酸化の方は何もしない）から、リン酸化だけでもどうにかなると考えてしまっていたのですが、そういうものではないのでしょうか。たとえば、（両者は競合するから？）リン酸化が２倍になっても、全体が２倍になると、実は効果の増減は０みたいなことなのでしょうか。 　正直に言って、時間などの制約の点、雑誌のランクがどちらかといえば低いことから、リン酸化のWBのみでなんとかならないかと考えております。 　詳しい方がおられましたら、ご教授いただけましたら幸いです。

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