Bio Technical フォーラム

  • バイオ関連の実験をする上での、試薬、機器、プロトコールなどの情報交換の場です。
  • 新しいテーマで話を始める場合、質問をする場合は「新しいトピックを作る」から書き込みをしてください。
  • 質問に対して解答できる方は是非、書き込んで下さい。
  • このフォーラムにふさわしくないと管理人が判断した投稿は予告なく削除します。

新しいトピックを作る　|　トピック一覧　|　研究留学ネットに戻る

ひとつ前のフォーラム（readのみ）

このスレッドをはてなブックマークに追加このスレッドをはてなブックマークに追加

磁気ビーズによるDNA精製について トピック削除
No.11680-TOPIC - 2023/08/03 (木) 16:04:12 - NGS初心者
いつもお世話になっております。

磁気ビーズによるDNA精製について質問がございます。
近々ラボで次世代シーケンサーを導入することになり、ゲノムをテンプレートとしてシーケンスしようと考えています。
ゲノムは磁気ビーズで精製すると各種プロトコルには記載があるのですが、磁気ビーズ法は経験がありません。
そこで伺いたいのですが、

1. AMPureXP（ベックマン・コールター社）を推奨されているようなのですが、NGSに用いるのに問題ない性能で、より安価に購入できる別製品をご存知でしたら、教えて頂きたいです。

2. 専用のマグネットスタンドが売られていますが、これは強力な磁石等で代用できるのでしょうか。

3. NGSでゲノムを読むなら、磁気ビーズ法は必須でしょうか。

ご教示頂ければ幸いです。
よろしくお願い致します。
　
- このトピックにメッセージを投稿する -



全9件 ( 1 〜 9 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

(無題) 削除/引用
No.11680-9 - 2023/08/08 (火) 16:42:00 - あの
Tany様

貴重な情報をありがとうございます（トピ主ではありませんが）。

どうも柔軟な発想でいろいろとできそうですね。

(無題) 削除/引用
No.11680-8 - 2023/08/08 (火) 11:17:41 - Tany
私はチューブスタンドを改造して作った自作のマグネットスタンドを使用しています。
使用している磁石はこちらのものになります。
https://www.neomag.jp/shop/shoppingcart/itemdetail.php?itemno=MAG09350380401105&qty=1

こちらの会社は色々な大きさと形状の強力磁石が1個単位で購入できますのでお勧めです。

(無題) 削除/引用
No.11680-7 - 2023/08/07 (月) 20:54:27 - アンピュアマン
3. NGSでゲノムを読むなら、磁気ビーズ法は必須でしょうか。

必須ではないと思いますが、アダプターを付けたDNAをPCRで増幅してライブラリーを作成する場合、短いDNAが取り除けていないとシーケンスに不適な短いライブラリーDNAが多く増幅されてしまいます。

数年前にAMPureXPと短いDNAを除けると謳う一般的なカラムを比べたことがありますが、AMPureXPの圧勝でした。カラムでは多少の短いDNAが残るようでPCR後に短いライブラリーDNAががっつり増幅されました。一方でAMPureXPでは短いDNAは全く増幅されませんでした。
AMPureXPを水で薄めることで、カットオフサイズがコントロールできるはずなので一度
DNAマーカーなどを使って予備実験するのもオススメです。

もちろん、増幅後、短いDNAをゲル抽出で除くこともできますが、最初から至適サイズのDNAを増幅する方がライブラリー内のDNA配列の多様性が担保できそうです。特にChip-seq など微量なDNAを出発材料にするときには気になりますね（同じ配列ばかり読みたくない）。

というわけでどんな方法であれ短いDNAが確実に除くことができることが重要だと思います。

(無題) 削除/引用
No.11680-6 - 2023/08/07 (月) 20:38:16 - あの
Toto 様

非常に良いアイデアの提供をありがとうございます。

参考にいたします。

(無題) 削除/引用
No.11680-5 - 2023/08/07 (月) 18:48:28 - toto
>[Re:4] あのさんは書きました :
> toto様
> 数日遅れの質問ですみませんが、次の商品の具体的な品番（アマゾンのASINコード）が判れば教えてください
>
> ”アマゾンから1000円台の超強力なマグネットを使ってます。全く問題ないし、使いやすい”

B08CTDY7CC です。世界最強磁石という品名なので事務から笑われましたが、少なくとも下手に鉄板につけると剥がすのに苦労します。それで安全と持ちやすさのために４つ束にして使ってます。

(無題) 削除/引用
No.11680-4 - 2023/08/07 (月) 13:19:57 - あの
toto様


数日遅れの質問ですみませんが、次の商品の具体的な品番（アマゾンのASINコード）が判れば教えてください

”アマゾンから1000円台の超強力なマグネットを使ってます。全く問題ないし、使いやすい”

(無題) 削除/引用
No.11680-3 - 2023/08/03 (木) 23:13:48 - おお
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC307455/pdf/nar00022-0218.pdf
おそらくこれか、これに近いやつじゃ無いかな。

カルボキシル基でコートされているやつ。一応色々なメーカーが出してはいる(大元の製造元が一緒かどうかは知らない)。またAMPureXPで同じ素材なのかの言及はみつからないけど。

AMPureXPの場合100bp以上のDNAを精製できると書かれていたが、この辺はNGS用に至適化されているかどうかが気になるところ。

また、似た精製方法としてはシリカを使う方法だけど、微妙なキャリーオーバーしたバッファー成分の違いが気になる。プラクティカルに代替使っている情報があれば良いですね。

(無題) 削除/引用
No.11680-2 - 2023/08/03 (木) 16:48:15 - toto
1.他にもあって、サンプルもらって試してたこともありますが、結局、AMPureXPに戻ってます。runの費用が大きいので失敗したくないし。
2.こちらは逆に、専用のは使ってなくて、アマゾンから1000円台の超強力なマグネットを使ってます。全く問題ないし、使いやすい。
3.どのタイプのNGSかにもよります。基本、なければできないかと言われるとそんなことはないでしょうが、たいしたことないようでいて、やはり相当便利です。

磁気ビーズによるDNA精製について 削除/引用
No.11680-1 - 2023/08/03 (木) 16:04:12 - NGS初心者
いつもお世話になっております。

磁気ビーズによるDNA精製について質問がございます。
近々ラボで次世代シーケンサーを導入することになり、ゲノムをテンプレートとしてシーケンスしようと考えています。
ゲノムは磁気ビーズで精製すると各種プロトコルには記載があるのですが、磁気ビーズ法は経験がありません。
そこで伺いたいのですが、

1. AMPureXP（ベックマン・コールター社）を推奨されているようなのですが、NGSに用いるのに問題ない性能で、より安価に購入できる別製品をご存知でしたら、教えて頂きたいです。

2. 専用のマグネットスタンドが売られていますが、これは強力な磁石等で代用できるのでしょうか。

3. NGSでゲノムを読むなら、磁気ビーズ法は必須でしょうか。

ご教示頂ければ幸いです。
よろしくお願い致します。
全9件 ( 1 〜 9 )　 前 | 次 　1/ 1. /1

パスワードを入力してチェックした記事を チェックした記事を

このトピックにメッセージを投稿する
名前 
メール  　アドレス非公開
   タイトル 
本文      
設定  クッキーを保存（次回の入力の手間を省けます）
上に上げない（トピックの一覧で一番上に移動させません）
解決（問題が解決した際にチェックしてください）
暗証  半角英数字8-12文字の暗証番号を入れると、あとで削除、修正ができます。
送信 
〔使い方〕
  • 「アドレス非公開」をチェックすれば、自分のメールアドレスを公開しないで他の方からメールを受け取れます。
  • 問題が解決した際には、解決ボタンをチェックして解決した旨のコメントをつけてください。これは、初めにトピックを作った人と管理人のみが可能です。
  • 半角カタカナ、機種依存文字(全角ローマ数字、○の中の数字等)は文字化けの原因となりますので使わないでください。