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(無題) 削除/引用 No.11615-6 - 2023/07/15 (土) 17:08:03 - SYBR master >[Re:1] おおさんは書きました : > 独自色を出してか、ライセンス的な制限なのか、最近いろんなメーカーが制限酵素とか分子生物学用試薬類などにDNA　Loading bufferをつけてくれるけど、含まれている色素が違ったりして何がどこまで流れたのか感覚的にわからなくなりませんか？ 基本的に青色部分(BPBおよびXC)の部分は変わってなかったかと(入れるかどうかは別として）。最速で流れる部分の色を、日本ジーンがOrange G、NEBがたぶんCresol Red、他のメーカーの赤い色はPhenol Redだと思います、想定サイズは大体BPBの1/10程度(BPBが500なら50 bpくらい)だと思ってます。また日本ジーンのOrange G系のやつとNEBはGlycerolではなくFicoll 400(たぶんfinal 2.5%)で作ってるので、スマイリングが起きにくい(同様なものとしてsucroseの物も、たしかmolecular cloningにあったような）。あと、NEBの酵素に添付されているのは基本的にSDSが含まれています(のでDNA bindingを見たいときは避ける)。 最近カメラの精度が上がったからなのか、EtBr-UV検出で色素部分が陰になる(BPBやXCの部分)のが気にくわない人が居るみたいで、BPBやXCを抜いた物が多いようです。陰になっていても、DNA量の推定には問題ないと思うし、その色素がDNA回収に影響を与えることは無いんですけど。。ちなみに蛍光検出ではこれら色素は陰にはならないです。

(無題) 削除/引用 No.11615-5 - 2023/07/15 (土) 11:01:50 - おお 自作のものを使うと決めていれば何ら問題はないですね。 確かに、昔は昔のプロトコールに忠実にやると結構BPBとか濃かったように思います。 わたしはDyeを入れるときは結構いい加減で６ｘだったら１０ｘぐらいで使ったりもしますね、濃いのが嫌なので。

(無題) 削除/引用 No.11615-4 - 2023/07/15 (土) 10:49:24 - ぽー 付いてくるdyeは色素が濃すぎる気がするので、いつも自作のBPB薄めのものを用いています。

(無題) 削除/引用 No.11615-3 - 2023/07/15 (土) 08:38:28 - おお なるほど。マーカーのダイが統一されていればという事ですね。ならば他のサンプルは入ってなかろうと違うものが入っていようと関係ないという事ですね。 マーカーも最初からダイが入っているものを買っているのならそれでいいのかもだけど、意外とダイとは別に透明な溶液で来ませんか？そうなると後で加えたLoading buffer次第になってしまうので、、、いずれにしろ何かを統一しておかないとという事になりますね。 ＞ゲルからのDNAの抽出時にdyeとバンドが重なってると収量が少なくなるような気 少なくともXCやBPBではそこまで意識したことはないですけどね。なんか素通りしていたように思いますが、、、

(無題) 削除/引用 No.11615-2 - 2023/07/15 (土) 08:01:12 - 30%Glycerol そこで私が使ってるのは30%Glycerol/TAEのみでdye無しです。どこまで流れたかはマーカーレーンのみで判断。慣れるとウェルにアプライした後少しの間はそこに何かがあるのわかるので「どこまでアプライしたかわからなくなる」という問題も無し。ゲルからのDNAの抽出時にdyeとバンドが重なってると収量が少なくなるような気がしていたけど（気のせい？又はpHを十分に下げ切ってなかった？）、dye無しでその問題も無くなりました。個人的には良いことづくめです。

DNA Loading buffer 削除/引用 No.11615-1 - 2023/07/15 (土) 06:14:54 - おお 独自色を出してか、ライセンス的な制限なのか、最近いろんなメーカーが制限酵素とか分子生物学用試薬類などにDNA　Loading bufferをつけてくれるけど、含まれている色素が違ったりして何がどこまで流れたのか感覚的にわからなくなりませんか？

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