Bio Technical フォーラム

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C末端側につけたFLAGタグの翻訳開始点について トピック削除
No.11590-TOPIC - 2023/07/06 (木) 09:06:47 - ぱん
いつもお世話になっております。
FLAGタグをC末端側につけて、FLAG抗体で検出したのですが、非特異バンドが多数出ます。
C末端側にFLAGをつけると、翻訳開始点(first Met)が複数できて、非特異バンドが複数でるのではないかと考えたのですが、いかがでしょうか。
ご意見いただければ幸いです。
 
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(無題) 削除/引用
No.11590-4 - 2023/07/06 (木) 11:34:23 - YK
もしFLAG-tagで複製開始点が増えるなら精製に不向きなtagですし、そういう報告がされているはずと思うのですが調べられましたか?
またタンパク質はN→Cに伸長するので個人的にはC末で翻訳に悪さをするとは考えにくいです

実験的な話でなら抗体がポリクロ、(WBの)一次抗体が濃い、タンパク質分解など色々ノンスぺが出そうなものは考えられます

(無題) 削除/引用
No.11590-3 - 2023/07/06 (木) 10:10:25 - 2ME
> C末端側にFLAGをつけると、翻訳開始点(first Met)が複数できて、非特異バンドが複数でるのではないかと考えたのですが、いかがでしょうか。

いかがでしょうかと問われれば、そうかもしれませんねと答えるのみです。

そのケースで複数のバンドが出る原因は、それ以外にも考えられるのではないでしょうか。

質問者に限ったことではありませんが、実験条件や比較対象との差異等を書かずに、意見を求められる方々が一定数おられます。何かの罰ゲームかと勘ぐってしまうほどです。

質問される方々は、限られた情報からはトラブルシューティングのコメントを書きにくいということをご理解ください。

(ちなみに、ご質問ではFLAG配列が複数できるという想定でしょうから、それらは非特異とは言えませんね。言葉に対する指摘をしたまでです。ご容赦ください)。

(無題) 削除/引用
No.11590-2 - 2023/07/06 (木) 10:04:01 - おお
FLAGエピトープにはMetはないですし、、、
おっしゃっていることが本当なら、FLAGがなくても途中のMetから始まるはずだし(タグをつけたたんぱくの配列のFirstMet以外にMetがあるなら)。なにか矛盾していませんかね。

仮にそういうことが起こっているなら、それぞれのメチオニンから始まったペプチドの長さがわかるので、それと実際に見られたバンドの大きさが一致してますか?

私はフラグメントらしき短いものが検出された場合、分解をまずは疑います(ネガコンで検出されないなら)。

上げ足とりみたいだけど非特異なバンドと言ってしまうと、全く別のタンパクがバンドとして検出されているようなイメージですが、、、

C末端側につけたFLAGタグの翻訳開始点について 削除/引用
No.11590-1 - 2023/07/06 (木) 09:06:47 - ぱん
いつもお世話になっております。
FLAGタグをC末端側につけて、FLAG抗体で検出したのですが、非特異バンドが多数出ます。
C末端側にFLAGをつけると、翻訳開始点(first Met)が複数できて、非特異バンドが複数でるのではないかと考えたのですが、いかがでしょうか。
ご意見いただければ幸いです。

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