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(無題) 削除/引用 No.11581-6 - 2023/07/06 (木) 04:03:02 - mont Genotpingの判定は正しかったけど、個体識別の時にどこかで間違えたとか（例えば親マウスを取り違えたとか）？ マウスの個体識別とGenotypingの結果がちゃんと合っていなかった、ノートに書き間違えた、イヤーパンチを読み間違えた、、、思わぬところで間違えていたって結構あります。そのあたりは確実ですか？

(無題) 削除/引用 No.11581-5 - 2023/07/05 (水) 11:35:20 - AA Creとfloxは別々の遺伝子座ですよね？ Creの判定PCRでバンドの出る出ないとWT/floxのバンドの出る出ないは全く独立した問題だと思うのですが・・ floxの判定PCRのプライマー配列をみて、どういう設計になっているのか確認してみてください。 レポーターなどの外来配列特異的なプライマーを用いている場合、deletionアリルではそれらの配列がなくなる場合があるのでPCRが走らなくなることはあります。 >>何度かやっていて手技上のミスは考えにくい とのことですが、ご自身の実施されている内容の理解度が不足されている印象を受けます。 一旦落ち着いてそれぞれのマウスのゲノム情報や特性を再度ご確認されることをおすすめします

(無題) 削除/引用 No.11581-4 - 2023/07/05 (水) 11:19:20 - あああ ありがとうございます。 何度かやっていて手技上のミスは考えにくいと思いますが、検討してみます。 プロモーターはcol1a2です。 germline deletionの場合creのバンドも消失するのでしょうか？ creのバンドも出ずにただただwtバンドのみが出現してしまいます。

Germline Cre 削除/引用 No.11581-3 - 2023/07/04 (火) 03:01:35 - NUPD Creのプロモーターは？ 例えばCreがOocyteなどで発現している場合Germline deletionが起こり、母方のfloxが検出されず父方のfloxあるいはwtのみが検出されることで見かけ上flox/floxあるいはwt/wtの様になりますね。wt/wtというのはwtのみのバンドが検出されたという事だけであって、もしGermline deletionが起こっている場合はwt/delである可能性があります。

(無題) 削除/引用 No.11581-2 - 2023/07/03 (月) 23:48:41 - mont 原因はgenotypingの結果判定が不正確なのでしょう。PCRで判定していると思うのですが、採取した組織がコンタミしている（例えば母体の組織）、ノンスペのバンドが同じ位置に出る、ピペットがコンタミしている（PCR前と後で違うピペットを使うようにする人もいます、理由は考えてみてください）、、、親のgenotypingも含めて手技のどこかに、判定ミスをした原因があるはずです。 手技が完璧なのにメンデルの法則に従わない可能性は無い、とは言えませんが（例えば組み替えが起きたとか）非常に稀です。現実的にまず遭遇することは無いだろうぐらいの確率なので、私ならgenotypingの結果判定に用いた手技（おそらくPCR)の問題を疑います。

cre loxp systemでの胎児のgenotypingについて 削除/引用 No.11581-1 - 2023/07/03 (月) 16:57:01 - あああ cre loxp systemでconditional knockout mouseを作成しているのですが、目的の遺伝子のホモの個体が生まれません。 そこで、胎性致死となっているか調べるため、胎児のgenotypingをしています。 flox/wt, cre と flox/floxの交配をしているのにもかかわらず、wt/wtやwt/wt,cre など、メンデルの法則的に生まれるはずのない個体が胎児のgenotypingで確認できます。 このような現象は普通のことなのでしょうか？それとも何か原因があるのでしょうか？ ご存知の方いますでしょうか？

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