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(無題) 削除/引用 No.11572-2 - 2023/07/01 (土) 17:37:35 - sega 発現低下遺伝子セットのエンリッチメントスコアが正の値になるとき、その遺伝子群は発現上昇している(=KRASの例だとKRASは不活性化している)ことを結局表しているようでした いつか同じ壁に当たるかもしれない方のために備忘録的に参考リンクを貼っておきます https://www.biostars.org/p/9552307/ https://www.biostars.org/p/289406/

GSEAのエンリッチメントスコアの解釈 削除/引用 No.11572-1 - 2023/06/30 (金) 17:43:08 - sega 現在、ある化合物を処理/未処理した癌細胞のRNA-seqデータに対して、MSigDBの遺伝子セットを用いてGSEAを行っています そこで例えば"HALLMARK_KRAS_SIGNALING_DN"のように「KRASが活性化していると発現が『低下する』遺伝子セット」のエンリッチメントスコアが『正の値』を取る場合、結局その遺伝子群は発現低下(= KRASが活性化)しているのかどうかがいまいちよくわかりません その遺伝子セットの中で発現が低下している遺伝子が多ければエンリッチメントスコアは負になるような気がするのですが、どう判別すればいいでしょうか

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