Bio Technical フォーラム

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NLS検索 トピック削除
No.1155-TOPIC - 2012/11/15 (木) 19:17:57 - nana
核移行シグナル検索にcNLS Mapperというのを見つけて使おうかと思うのですが、使ったことがある方はいらっしゃいますか?あまり有名ではないようなので。
酵母や植物のデータベースにのっとっているようですが、細菌やウイルスでも利用できるのでしょうか・・・
 
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No.1155-5 - 2012/11/19 (月) 11:35:21 - nana
おおさん

丁寧なご回答ありがとうございました。

>酵母のNLS認識、輸送システムを使うわけですから酵母のデーターから抽出されたNLS配列(のマトリクス)を使うのが最適

確かにその通りですね。ようかく納得がいきました。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1155-4 - 2012/11/19 (月) 11:11:59 - おお
>[Re:3] nanaさんは書きました :
> 配列の中にそのようなNLSがあれば細菌であろうとウイルスであろうと感染したときに核内へと輸送されるのではないかと思っていたのですが・・・。



感染された細胞が酵母であれば、酵母のNLS認識、輸送システムを使うわけですから酵母のデーターから抽出されたNLS配列(のマトリクス)を使うのが最適と思いませんか?細菌のNLSのデーターベースとかは探してもあるかどうかわかりませんよ。

例えばHIVとかのウイルスでは、ヒトあるいはマンマルのNLSのデーターベースから抽出された配列で探したりします。

細菌だと、そのタンパクがサイトゾルに何らかの原因でさらされないと核いこうはしないでしょうけど、いろいろな可能性を考えると全く否定はできませんので、まああまり細かいことはいいませんけど。

(無題) 削除/引用
No.1155-3 - 2012/11/19 (月) 10:38:55 - nana
私の認識では核移行シグナルは塩基性アミノ酸からなる配列であると思っています。配列の中にそのようなNLSがあれば細菌であろうとウイルスであろうと感染したときに核内へと輸送されるのではないかと思っていたのですが・・・。
何か大きな認識の間違いがあればご指摘お願いします。

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No.1155-2 - 2012/11/16 (金) 01:13:26 - おお
ウイルスは感染する生物種のNLSのマトリックスを使うべきでは。。。細菌はNLSとかいうシステムは存在するんでしょうか?なにか新しい可能せいを考えていらっしゃるのかな?

NLS検索 削除/引用
No.1155-1 - 2012/11/15 (木) 19:17:57 - nana
核移行シグナル検索にcNLS Mapperというのを見つけて使おうかと思うのですが、使ったことがある方はいらっしゃいますか?あまり有名ではないようなので。
酵母や植物のデータベースにのっとっているようですが、細菌やウイルスでも利用できるのでしょうか・・・

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