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(無題) 削除/引用 No.11537-8 - 2023/10/17 (火) 08:36:48 - ここはどう？ ここがかなり安いかも https://web.azenta.com/hubfs/ja-jp/Flyers/NGS_Plasmid-EZ_AzentaJP.pdf

(無題) 削除/引用 No.11537-7 - 2023/10/04 (水) 20:16:18 - MOS ユーロフィンが受託始めたみたいですね https://eurofinsgenomics.jp/jp/service/dnasequence/whole-plasmid-sequence/ 少々高いですが便利そうです

(無題) 削除/引用 No.11537-6 - 2023/06/20 (火) 15:54:40 - toto Ｋさんにはお役に立てないのですが、逆に教えてください。plasmidsaurusのようにナノポアを用いてプラスミドなどの生物由来のDNAを読むと、（おそらくメチル化のために）よく読めない領域が結構出てきますが、そのような領域は結構ありましたか？x20くらいのリードということがFAQに書いてありましたが、それくらいだと今のversionでも割と飛びます。homo deletionは最新のセットアップではかなり減りましたが。それで、メチル化も読めるようなbasecallingにするか、あるいはTK−１さんの示された文献の手法を使えばメチル化による読み落としは減るのかもしれません。ただ、データを見ると普通使われるGuppyでのbasecallingに比べるとエラーが多いのが気になります。

(無題) 削除/引用 No.11537-5 - 2023/06/20 (火) 01:26:38 - TK-1 primerがいらない、早い（米国内では３６時間くらいのturnaround). 最大の欠点は、 https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2019.01332/full これはどうしようもないらしい。

(無題) 削除/引用 No.11537-4 - 2023/06/19 (月) 15:49:48 - TS 横やりですみません。 Plasmidsaurus、知りませんでした。 HP見る限りだと、日本で送付から解析まで1週間強かなという印象でした。 シーケンスした長さが1-2kbなら、サンガー法の方が安そう（400-500円/run）ですが、一定の長さ以上の時、サンガー法でちまちまシーケンスするのに比べて、デメリットは解析時間と必要量くらいしか思いつきませんでした。デメリットあるんでしょうか。

(無題) 削除/引用 No.11537-3 - 2023/06/19 (月) 13:21:26 - Nanashi その会社のWebサイトにinternationalの場合、最寄りのDropboxへサンプルを送れとなっていて、日本では東大にあるようです。 東大専用なのか他からも使えるのかわからないので、問い合わせてみたほうがいいのではないでしょうか？ おそらく東大にある以上、日本の大学からの支払い方法も確立している思われます。 www.plasmidsaurus.com/instructions/#shippinginstructions

(無題) 削除/引用 No.11537-2 - 2023/06/19 (月) 11:45:04 - AA プラスミド全長解析サービスというのは日本ではあまり聞いたことがないです。1プラスミドで15ドルというのは格安ですね。 プライマーウォークでの解析を受けているところもありますが、かなり高額な印象です。 昨今だとサンガーシークエンスの受託料が1本400円くらいですので、ご自身でプライマーを設計されて、ちくちく読んでいくのが一番安上がりになる気がします。

Plasmidsaurusに似たサービス 削除/引用 No.11537-1 - 2023/06/18 (日) 09:11:12 - K お世話になります。 プラスミド全長シーケンスを留学時代、Plasmidsaurusを使っていました。 プラスミド一つで15ドルでした。 ただ日本では利用できなさそうです。 そこで、似たようなサービスをしてくれるコスパの良い日本での利用可能なところをご存知ないでしょうか？ よろしくお願いします。

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