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Reverse transcriptase トピック削除
No.11523-TOPIC - 2023/06/15 (木) 07:19:43 - おお
みなさんReverse transcriptase (RT用酵素、キット)は何を使ってますか。Superscript IIIのストックがあるのでそれを使っているんですが、最近PCRはPremixだし、なんかあれこれ混ぜるのがめんどくさくなってきたりして、、、

簡易なもの、感度がいいものなど、皆さんの好みやルーティーンで使っているものを教えてください。
 
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No.11523-7 - 2023/06/20 (火) 07:38:14 - おお
https://www.thermofisher.com/us/en/home/life-science/pcr/reverse-transcription/superscript-iv-reverse-transcriptase.html

ここの図1を見てみると、SSIIIと他社比較でN社、P社がパッと見あまり劣らない感じかなあと。
NはNEB。Pはプロメガかしら、、、BL、BRが見当つかないけど、、、Tはタカラ?それにしてはパフォーマンス悪すぎるし、何だろう。

SuperScript™ IIIは(IV)もかな、SuperMixも売っていて、OligodTかランダムプライマーはどれを入れるか選択できて、簡便にはなってますね。

タカラは私が見たのはPreMixにOligo dTとランダムプライマーが入っているようで、ランダムプライマーが入ってては都合悪いとか、スペシフィックプライマーだけを使いたいというときは融通が利かなさそうですが、どうなんでしょう。

プロメガはOligo dTかランダムプライマーがMixに入ったものと、なんらかのプライマーを自分でMixするものがありますね。酵素、バッファー、サンプルの水溶液の3つをMixするので今私がやっているものよりは手間が省けそうです。

NEBもそんな感じかな。

使用感など引き続きコメントがあればうれしいです。

(無題) 削除/引用
No.11523-6 - 2023/06/18 (日) 19:57:32 - SYBR master
>[Re:5] あのさんは書きました :
> プレミックスでないキットでも、酵素以外は、混ぜちゃっても大丈夫じゃないでしょうか(?)

最近販売されているRTおよびPCR用の単品でも、反応buffer内の各カチオンの種類や濃度について、ほぼ全てのメーカーが一切開示していません(大体は想像できては居ますが)。したがって、提供メーカーのプロトコルにその混ぜ合わせが有れば可能でしょうが、無ければ多分駄目です。

(無題) 削除/引用
No.11523-5 - 2023/06/17 (土) 23:11:47 - あの
購入後の有効期限が長い方が好きなので、バラバラのやつの方が好きですが、

プレミックスでないキットでも、酵素以外は、混ぜちゃっても大丈夫じゃないでしょうか(?)

(無題) 削除/引用
No.11523-4 - 2023/06/17 (土) 22:23:47 - SYBR master
>[Re:3] あげさんは書きました :
> クローニングに使いたいのですが、正確性の高いものはございますか?

基本的にこれらの逆転写酵素は、AMV由来を除いてM-MuLV由来なので、「正確性」にはどれも大差は無いと思われます。

各酵素(IIとかIIIとかIV)の細かい違いについて最近はメーカーもここら辺についてはもう特許も出していないので、耐熱性の変異(配列のアミノ酸変更、ただ新しい変更があったとは思えないのよね)と、反応buffer組成(此所は最近PCRも含めて、非公開になっているものが多い)の変更で行われているものと推測しています。想像ですが、追加の組成や各種の濃度等を、qPCR向け、またはcDNAのPCR用に変更しているものと思われます。実際、添付データや実施例を見ると、微妙に合成可能な最大鎖長が各酵素で異なるので、「RNAの2次構造を壊しやすい」とか、「DNAの伸張速度が早い」等に特化して、buffer組成を買えているものと推測しています。

初期のM-MuLV基本buffer組成は150mM NaClだったんですが、Taqを含むPCR用酵素は基本50mM以上のNaClで酵素のsalt inhibitionが起きはじめます。Taqを含むPCR用酵素の初期基本bufferはKCl濃度が50mMでしたのですが、KClとNaClの酵素阻害濃度は大体同じであるため、このsalt inhibitionがRT産物のPCRへの持ち込み量を規定していました。上記の推測は、この点から判断したものです。

(無題) 削除/引用
No.11523-3 - 2023/06/15 (木) 18:08:51 - あげ
横から失礼いたします。
私も同様の疑問を持っておりました。
クローニングに使いたいのですが、正確性の高いものはございますか?

(無題) 削除/引用
No.11523-2 - 2023/06/15 (木) 12:51:46 - AA
タカラのprimescriptを使っています。
自発的にこれを選んだというよりは今いる研究室で以前から使っているから、という理由です。
gDNA eraserが含まれているので不慣れな人でもある程度の安心感があるのかな?とは思います。
反面、標準プロトコルがqPCR前提で作成されているので、全長cDNAがほしいときなどは反応時間を伸ばす必要があります。わかっている人にとっては大したことないのですが、不慣れな人に毎度説明するのはちょっと面倒です。

Reverse transcriptase 削除/引用
No.11523-1 - 2023/06/15 (木) 07:19:43 - おお
みなさんReverse transcriptase (RT用酵素、キット)は何を使ってますか。Superscript IIIのストックがあるのでそれを使っているんですが、最近PCRはPremixだし、なんかあれこれ混ぜるのがめんどくさくなってきたりして、、、

簡易なもの、感度がいいものなど、皆さんの好みやルーティーンで使っているものを教えてください。

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