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イーストのKDなど トピック削除
No.1147-TOPIC - 2012/11/14 (水) 06:53:13 - おお
酵母である遺伝子の発現を抑制してその遺伝子の役割を調べたい時、その他の生物でやっているようなノックダウンは可能でしょうか。もしそうでなければどのようなアプローチが取れますでしょうか、遺伝子破壊の株を得るくらいしか手がないでしょうか。
 
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No.1147-10 - 2012/11/17 (土) 02:09:19 - おお
TSミュタントもそう言えばイーストではよく出てきますね。選択肢がふえました。ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1147-9 - 2012/11/15 (木) 21:06:20 - Harmonia
NBRPの酵母にコレクションが無いでしょうか?
http://yeast.lab.nig.ac.jp/nig/

(無題) 削除/引用
No.1147-8 - 2012/11/15 (木) 21:05:03 - Harmonia
使ったことが無いので、論文で見かけた記憶だけですけど、S. cerevisiae
は温度感受性株コレクション ts mutant collectionというのがあったと
思います。
新たにアノテーションした遺伝子なら、カバー(同定?)できてないかも
しれませんが。

(無題) 削除/引用
No.1147-7 - 2012/11/14 (水) 14:58:32 - おお
弘法さんありがとうございました。興味深い情報、あとで詳しく調べてみます。

(無題) 削除/引用
No.1147-6 - 2012/11/14 (水) 13:19:43 - 弘法
essentialな遺伝子だと、Tetプロモーターで抑える株も市販されています。

http://www.thermoscientificbio.com/EktronTemplates/ProductLayout.aspx?id=17179927385&LangType=1033&rdr=true

また、オーキシンデグロンもよく使われています。

http://www.bio.sci.osaka-u.ac.jp/newinfo/info50.html

qqさんがご紹介になっている近縁酵母のdicerホモログとAgoホモログを導入するとS. cerevisiaeでもRNAiを引き起こすことができるようになるとの報告もありますが、やってみた人の話では実用レベルには程遠いとのことでした。

(無題) 削除/引用
No.1147-5 - 2012/11/14 (水) 12:35:44 - おお
>[Re:3] 弘法さんは書きました :
> 破壊しても死なない遺伝子であれば、遺伝子破壊株は市販されています。
>
> http://www.thermoscientificbio.com/EktronTemplates/ProductLayout.aspx?id=17179927371&LangType=1033&rdr=true
>
> また、酵母の研究コミュニティーは菌株やプラスミドの分与に関して非常に鷹揚な伝統がありますので、遺伝子破壊株を記載した論文があるなら、その著者に請求すればすんなり送ってもらえると思います。

ありがとうございました。そうですね破壊した株のライブラリーとか使ったりしているプロジェクトもあったと思いましたので可也そろってるんだろうなぁと。一度興味あるものに関して探してみます。

(無題) 削除/引用
No.1147-4 - 2012/11/14 (水) 12:32:59 - おお
>[Re:2] qqさんは書きました :
> >遺伝子破壊の株を得るくらいしか手がない
> は、逆じゃないですか?動物細胞株では遺伝子破壊の株を得ることが困難なので、siRNAくらいしか手がないのだと思っています。

あ、そうか、従来はそうだったけど、、、最近方法論的に樹立してきてKDできるから破壊する必要もないって感じに思えたりも。。。まあメリットもいろいろあるような気も。。。

> 酵母のRNA干渉については下のようにいっていますね。読んでないけど。
> >モデル生物Saccharomyces cerevisiaeに代表される出芽酵母にはRNAi現象はないものと考えられてきた.しかし,最近,S. cerevisiae以外の数種の出芽酵母にはRNAi現象のあることが明らかになった.
> (ttp://first.lifesciencedb.jp/archives/3345)

面白いですね。べんきょうになりました。S. cerevisiaeを考えているのと方法論的な実用性といういみではまだという感じなんでしょうか。。。

完全なnullでないほうがよさそうだという意味でKDのほうがいいかなあと思ったりもしたんですけど。ちょっと工夫が入りそうな気もしています。

ありがとうございました。

(無題) 削除/引用
No.1147-3 - 2012/11/14 (水) 12:30:26 - 弘法
破壊しても死なない遺伝子であれば、遺伝子破壊株は市販されています。

http://www.thermoscientificbio.com/EktronTemplates/ProductLayout.aspx?id=17179927371&LangType=1033&rdr=true

また、酵母の研究コミュニティーは菌株やプラスミドの分与に関して非常に鷹揚な伝統がありますので、遺伝子破壊株を記載した論文があるなら、その著者に請求すればすんなり送ってもらえると思います。

(無題) 削除/引用
No.1147-2 - 2012/11/14 (水) 09:30:22 - qq
>遺伝子破壊の株を得るくらいしか手がない
は、逆じゃないですか?動物細胞株では遺伝子破壊の株を得ることが困難なので、siRNAくらいしか手がないのだと思っています。
酵母のRNA干渉については下のようにいっていますね。読んでないけど。
>モデル生物Saccharomyces cerevisiaeに代表される出芽酵母にはRNAi現象はないものと考えられてきた.しかし,最近,S. cerevisiae以外の数種の出芽酵母にはRNAi現象のあることが明らかになった.
(ttp://first.lifesciencedb.jp/archives/3345)

イーストのKDなど 削除/引用
No.1147-1 - 2012/11/14 (水) 06:53:13 - おお
酵母である遺伝子の発現を抑制してその遺伝子の役割を調べたい時、その他の生物でやっているようなノックダウンは可能でしょうか。もしそうでなければどのようなアプローチが取れますでしょうか、遺伝子破壊の株を得るくらいしか手がないでしょうか。

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