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(無題) 削除/引用 No.11422-4 - 2023/05/01 (月) 12:58:12 - asan https://software.broadinstitute.org/cancer/software/gsea/wiki/index.php/Using_RNA-seq_Datasets_with_GSEA ↑によると、raw count dataをそのままGSEAに用いるのは適切にならないことが多く、ノーマライゼーションでサンプル間の補正をすることが良いみたいです。 また、zero countの扱いですが、通常のDEG解析と同じで条件間でzero countとそうでないものが混在する場合の扱いは慎重になる必要があり、ただ各サンプルでゼロを抜くという処理を行うとそれぞれの条件での検出した遺伝子数に差がでるので問題があるかもしれません。やり方は色々あると思います。

(無題) 削除/引用 No.11422-3 - 2023/05/01 (月) 10:30:55 - 学生 ＞全てのサンプルである遺伝子の発現が0、即ち検出されていないのであればその遺伝子を削除して解析してますね。 回答ありがとうございます。 削除して解析してみます。 マイクロアレイのデータをGSEAにいれたことはあるのですが、 そのときは全ての遺伝子でシグナル値がきちんとあったので、 このような問題はでなかったですが・・

(無題) 削除/引用 No.11422-2 - 2023/05/01 (月) 03:37:47 - s 全てのサンプルである遺伝子の発現が0、即ち検出されていないのであればその遺伝子を削除して解析してますね。

GSEAのロードデータ 削除/引用 No.11422-1 - 2023/04/30 (日) 20:31:44 - 初心者 初歩的な質問ですがさせてください。 RNA-seqのデータをGSEAにロードする際、 カウントデータが全てのサンプルで0の遺伝子も、 データ内に含めるべきでしょうか？ それともそのようなものは除いていいのでしょうか。 含めた状態で結果を出すと、 そのような遺伝子はヒートマップで全て同じ色の 上昇または減少と解釈されているように表示されています。 ご教示お願いいたします。

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