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目、脳の組織特異的発現遺伝子 トピック削除
No.11394-TOPIC - 2023/04/22 (土) 14:55:28 - ごはん
脊椎動物の目、脳のそれぞれでのみ発現しているような遺伝子を教えてください。


目、脳の組織の転写産物をRT-PCRで調べたいのですが、ポジコンとなるような遺伝子を探しています。
 
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No.11394-7 - 2023/04/25 (火) 18:17:52 - てってってー
脳に関しては、神経/グリアに特異的なマーカーとかはあっても脳全体に特異的なマーカーというのはないかもしれないですね
おおさんの言う通り試験デザインに依存しますので、神経細胞のマーカーたとえばMAP2やニューロフィラメントでもよければそれで良いでしょうし、グリアマーカーの方が適切であればGFAP等になるのではないでしょうか

(無題) 削除/引用
No.11394-6 - 2023/04/25 (火) 08:26:24 - おお
>[Re:3] 独り言さんは書きました :
> とりあえず
> https://www.proteinatlas.org/
> で調べてみては。
>
> 目はcrystallinでしょうが、

目、全体としてはそれでいいでしょうね。Retinaについて調べたいならcrystallineでいいかは一度考えてみる必要があるかもしれません。そういう意味ではRhodopsinやOpsinとかも候補だとおもいます。
Conditional KOでよく使われるCreのプロモーターも参考になるかもしれませんね。

手短にググったところ
RAX
PAX6
Best1

(無題) 削除/引用
No.11394-5 - 2023/04/25 (火) 03:08:49 - あの
脳だと次のキーワードで論文検索すると探せるのでは。

glia specific markerとかneuron specific marker

(無題) 削除/引用
No.11394-4 - 2023/04/24 (月) 18:26:51 - 1
組織特異的なマーカーとかでも、程度問題で、別のあまり関係なさそうな組織でも少しは発現してることもすくないので、〜のみ発現してるとか、その組織以外では発現していない、とかいわれると難しい。またサイクル数とかにもよるし。蛋白質レベルならば、qPCRと違い、これは感度的なこともあるのかもしれないけど、割とクリアに発現の有無が明瞭に示されるようにおもう。

(無題) 削除/引用
No.11394-3 - 2023/04/22 (土) 16:14:30 - 独り言
とりあえず
https://www.proteinatlas.org/
で調べてみては。

目はcrystallinでしょうが、
脳は、神経のマーカーか、あとは部位によるとしか。

(無題) 削除/引用
No.11394-2 - 2023/04/22 (土) 15:42:56 - おお
ポジコンは実験デザインによって変わるものです。いくつか候補はないわけではなけどそれがあなたの実験でポジコンにならなかったら責任を取れないのでかきません。

あと完全に発現が0と言う事はないと思った方がいいと思いますので、RTーPCRで検出されただけで説得力が有るのかも考えるべきですね。

目、脳の組織特異的発現遺伝子 削除/引用
No.11394-1 - 2023/04/22 (土) 14:55:28 - ごはん
脊椎動物の目、脳のそれぞれでのみ発現しているような遺伝子を教えてください。


目、脳の組織の転写産物をRT-PCRで調べたいのですが、ポジコンとなるような遺伝子を探しています。

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