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(無題) 削除/引用 No.11393-13 - 2023/04/25 (火) 08:58:08 - 2ME 質問者が造語の由来から着想を得て質問しているようなので、私はそれに答えているまでですけども。2023年現在でgenomeの定義を考えるという点でいえば、100年前の人間の記述は決定的ではないというのは、確かにその通り。 質問者向けにトリビアを書き足します。Winklerがgenomeの造語を提唱した1920年というのは、Suttonが1902年に染色体説を提唱して18年後、Sturtevantが1913年に遺伝地図を作成して7年後であり、染色体が「遺伝」を担うという考え方がようやく定着した頃ですからね。いまだ「遺伝」の本体がタンパク質か核酸かも不明な頃です。1944年にAveryらが遺伝の本体がタンパク質ではなくDNAであることを実証するまではね。要するにgenomeの造語が生まれた時代は染色体レベル研究の時代だったということです。 それでWinklerがGenomeと命名した箇所には染色体、特にハプロイドのセット（Winkerは配偶子の染色体セットのことを言っているようである）という実体のことを書いているので、genome=gene+chromosomeのイメージであったことは間違いなのですが、彼の文章のもうちょっと先の方を読むと、多数のGeneの塊のニュアンスでもGenomeのことを書いていますからね。その意味ではgenome=gene+omeというのもあながち間違いとは言い切れない。まあともかくgeneの実体が不明な時代のことです。結局、genomeがgene+chromosomeかgene+omeかという問いは今日的な視点による問いだということになりますね。Winklerはそういう区分では考えていないと思いますがね。おそらくね。 トリビアタイム終了。 >[Re:1] cfgさんは書きました : > non-cording 領域もふくめてDNA全体をゲノムと言っているものもあります。 はい。それでよいと思います。

(無題) 削除/引用 No.11393-12 - 2023/04/24 (月) 22:22:22 - G25 語源すなわちetymologyですので。 有体に言えば、Winklerがどういう発想でgenomeという語を作ったか？　gene+chromosomeか、gene+omeか？　という話。論議の流れもそういうことだったはず。 どっちにしろ本筋から外れたトリビアに過ぎませんけど

(無題) 削除/引用 No.11393-11 - 2023/04/24 (月) 21:49:07 - 2ME >[Re:10] G25さんは書きました : > それは語源（どのようにしてgenomeという言葉ができたか）ではなく定義ですね。 うーん。語源の文献として書いたつもりです。1920年にHans Winklerが最初に"Genome"という造語を提唱した（と考えられる）でしょうから。 まあ、このトピックは科学史の問いではなく、「ゲノム」にnon-codingは含まれるか否かなので、それは含まれるということで解決済みでしょうから、このコメントは些末な問題ですけれども、先に文献の話題が出たので、紹介したまでです。ご容赦ください。

(無題) 削除/引用 No.11393-10 - 2023/04/24 (月) 19:54:32 - G25 それは語源（どのようにしてgenomeという言葉ができたか）ではなく定義ですね。 genomeの定義も歴史の変遷とともに少しずつニュアンスが違うものがあります。 古典的には配偶子（核相n世代）の細胞が持っつ遺伝情報あるいは遺伝物資の総体であり、hopolid 染色体一揃いをゲノムとする。接合体 2nは2セットのゲノムをもつと解する。 近年では接合体（核相2n世代）のもつdipoloid 染色体ひっくるめてゲノムとするというのも普通です。 大きく分けてこの2つの定義がありますが、文脈によりどちらも現役で使われています。どちらを指しているか明示的に区別す必要があるときは、haploid genome、dipoloid genome と言いわけます。

(無題) 削除/引用 No.11393-9 - 2023/04/24 (月) 19:05:26 - 2ME あー、ウムラウトが文字化けしたか。 für→fuer　 zugehörigen→zugehoerigen führen→fuehren 失礼。

(無題) 削除/引用 No.11393-8 - 2023/04/24 (月) 19:00:23 - 2ME 本題とは関係ないかもしれませんが、とりあえず語源の文献を提示します。 https://www.biodiversitylibrary.org/item/16372#page/177/mode/1up "Verbreitung und Ursache der Parthenogenesis im Pflanzen- und Tierreiche" Dr. Hans Winkler (1920) p.165 Ich schlage vor, für den haploiden Chromosomensatz, der im Verein mit dem zugehörigen Protoplasma die materielle Grundlage der systematischen Einheit darstellt, den Ausdruck: das Genom zu verwenden und Kerne, Zellen und Organismen, in denen ein gleichartiges Genome mehr als einmal in jedem Kern vorhanden ist, homogenomatisch zu nennen, solche dagegen, die verschiedenartige Genome im Kern führen, heterogenomatisch. 「染色体のハプロイドセット」をGenomeと名付けています。 語源に関する文献として、これ以外は知りません。悪しからず。

(無題) 削除/引用 No.11393-7 - 2023/04/24 (月) 11:09:44 - G25 etymologyはトリビアに過ぎず、名前より実質、本質を理解するほうが大事だと思いますが、genomeのetymologyには２つの説明があることは承知しています。 先のコメントで、genomeから派生して今のomicsにつながるような-omeという接尾語が出てきたんじゃないかということ言いましたが、 -omeという接尾後はギリシャ語源で、「全て、完全」という意味だそうですから、chromosomeとは無関係としてもぴったり当てはまります。chromosomeとギリシア語源の接尾語、両方を掛けたダブルミーニングかも。科学者のするネーミングって掛詞やダジャレみたなネーミングが多い。

(無題) 削除/引用 No.11393-6 - 2023/04/24 (月) 09:46:05 - おお >[Re:5] cfgさんは書きました : > genomeはコーディング領域とノンコーディング領域を合わせたものということわかりました。文部科学省のGENOME MAPというのの左上のところに、genomeという造語の由来について２つの説があると書いてあって、その１つが全体を意味する接尾辞のome、もうひとつがchromosome のomeと書いてありました。 オリジナルの文献を引っ張り出せば解りそうだが、英語であるかもわからないですね。

(無題) 削除/引用 No.11393-5 - 2023/04/23 (日) 00:05:31 - cfg genomeはコーディング領域とノンコーディング領域を合わせたものということわかりました。文部科学省のGENOME MAPというのの左上のところに、genomeという造語の由来について２つの説があると書いてあって、その１つが全体を意味する接尾辞のome、もうひとつがchromosome のomeと書いてありました。東京大学理学部のサイトのgenomeの説明では-ome= 全体と書いてました。もともとは近代の遺伝子研究の黎明期に後者の方の意味でこの言葉ができたとおもいますが、現在に至るまでのあいだに少しずつ定義がかわってきたのかなあとおもいました。

(無題) 削除/引用 No.11393-4 - 2023/04/22 (土) 16:36:52 - おお https://www.nigms.nih.gov/education/Documents/Studying_genes_final.pdf What is a genome? A genome is all of the genetic material in an organism. It is made of DNA (or RNA in some viruses) and includes genes and other elements that control the activity of those genes. 多分この言葉が使われ出した頃は、個々の遺伝子についてどうなってるかなど詳しいことがわかってなかったと思います。その上で遺伝すると言う現象を担うものを指していたと思います。要するにDNA全体と言うことになるかと。そんな漠然とした理解の中で「遺伝子の集合体」的なイメージもあったのかもしれませんが、より詳細の解析が進み、遺伝子が並んでいるだけではないことがわかってきたのかなと愚行しています。 Geneやgenomeという単語が作り出されたのは1920から30年ごろ、DNAの2重螺旋構造が示されたのは1950年代でしょうか。ですから今のようなイメージはないころにゲノムと言われ始めたのが解ります。 因みにgenomeは以下によるとgene+chromosomeらしいですよ。gene+omeの解釈はどこで見られました？ https://www.etymonline.com/word/genome

(無題) 削除/引用 No.11393-3 - 2023/04/22 (土) 16:09:25 - 独り言 ゲノムは、教科書的には、1つの細胞がもつ遺伝子情報すべてであり、分裂した際に娘細胞に伝わる遺伝情報の1セット分となる。そのため遺伝子領域だけでなく、染色体すべての情報と、理解してます。 ChatGPT的にもgenomeは「gene（遺伝子）」と「chromosome（染色体）」を組み合わせた造語だそうです。

(無題) 削除/引用 No.11393-2 - 2023/04/22 (土) 14:25:36 - G25 それは定義じゃなくてetymologyでしょう。言葉の成り立ちの説明に過ぎません。 genomeの定義は、その生物をその生物たらしめるのに必要な遺伝情報の総体というのようなものです（言い回しは多少、バリエーションがあるけど）。それはタンパク質をコードするクラスII遺伝子に限らず核ゲノムDNAすべてによって担われているものです。genomeのもう一つの語源には、生物たらしめる遺伝情報の総体は染色体一揃いに相当するという考えから、gene+chromosomeであるというのもあります（むしろこっちがオリジナルで、-omeという総体を意味する接尾語もそこから派生したんじゃないかしら）。 だってそうでしょ、染色体の全てが揃ってなければ生物は成り立たず、「遺伝子」だけ集めてきても生物たらしめることはできないんだから。 それと、遺伝子とはコード配列だけのことではなく、もちろんプロモータや調節配列や非翻訳領域やイントロンでって含んだ機能単位です。ゲノムブラウザなんかで遺伝子の図示が転写領域や翻訳領域ベースでなされているのは便宜的にそれで遺伝子領域を代表させているだけです。調節領域などふくめた遺伝子の全貌なんて完全に解明するのは困難だし、わかっている要素（例えばエンハンサ）もマップし図示しようとしても手に負えません（数百kbの範囲で散在していることだってある）。

ゲノムという言葉の定義 削除/引用 No.11393-1 - 2023/04/22 (土) 13:57:27 - cfg ゲノムとはgene＋omeなので全遺伝子の集合体と理解しており、そのように定義している文献は多いですが、文献によってはその文脈から遺伝子以外のnon-cording 領域もふくめてDNA全体をゲノムと言っているものもあります。厳密にはどちらが正しいのでしょうか。構造遺伝子だけでなくプロモーターやエンハンサーなどの調節領域もゲノムにふくまれるのでしょうか。

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